279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2015 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
490 aa  976    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  51.68 
 
 
500 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.49 
 
 
520 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  54.4 
 
 
458 aa  447  1.0000000000000001e-124  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  48.74 
 
 
513 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  48.7 
 
 
493 aa  437  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  45.82 
 
 
500 aa  428  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  45.82 
 
 
500 aa  429  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  45.01 
 
 
513 aa  430  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.75 
 
 
526 aa  430  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.15 
 
 
516 aa  427  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  45.51 
 
 
519 aa  422  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  44.34 
 
 
546 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.08 
 
 
524 aa  420  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  45.47 
 
 
543 aa  418  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  45.92 
 
 
520 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  45.21 
 
 
545 aa  415  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 
546 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  44.42 
 
 
553 aa  415  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  47.37 
 
 
504 aa  414  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.12 
 
 
512 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.72 
 
 
515 aa  410  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.8 
 
 
518 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.55 
 
 
511 aa  404  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  44.23 
 
 
546 aa  404  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.64 
 
 
511 aa  397  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.13 
 
 
503 aa  395  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  46.64 
 
 
511 aa  395  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  45.72 
 
 
502 aa  389  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.98 
 
 
466 aa  385  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  43.79 
 
 
484 aa  372  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  51.81 
 
 
548 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.32 
 
 
528 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  46.81 
 
 
482 aa  362  1e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  43.52 
 
 
507 aa  362  1e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  43.45 
 
 
498 aa  355  6.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.86 
 
 
510 aa  338  9.999999999999999e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.76 
 
 
456 aa  301  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.41 
 
 
441 aa  300  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 
477 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 
477 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 
477 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 
477 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  36.44 
 
 
477 aa  288  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.44 
 
 
477 aa  288  2e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  36.44 
 
 
477 aa  288  2e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 
477 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  36.44 
 
 
477 aa  288  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  36.44 
 
 
477 aa  288  2e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  36.44 
 
 
477 aa  288  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  36.44 
 
 
477 aa  288  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  36.44 
 
 
477 aa  288  2e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  36.44 
 
 
477 aa  288  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  37.63 
 
 
475 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  35.97 
 
 
505 aa  285  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.63 
 
 
475 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  37.89 
 
 
477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  36.44 
 
 
477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  36.44 
 
 
482 aa  282  1e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  37.27 
 
 
477 aa  282  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  35.99 
 
 
511 aa  280  3e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0068  sigma-54 factor (RpoN2)  39.38 
 
 
444 aa  279  8e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  37.83 
 
 
478 aa  278  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  36.89 
 
 
477 aa  277  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1704  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.38 
 
 
438 aa  277  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000294974 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.92 
 
 
497 aa  276  5e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  35.81 
 
 
489 aa  276  5e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  38.31 
 
 
491 aa  276  8e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  37.24 
 
 
477 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  35.58 
 
 
489 aa  275  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  38.1 
 
 
491 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  34.94 
 
 
491 aa  274  3e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  36.33 
 
 
477 aa  274  3e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  36.33 
 
 
477 aa  273  4.0000000000000004e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  35.06 
 
 
497 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  35.06 
 
 
497 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  37.5 
 
 
491 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  36.33 
 
 
477 aa  273  4.0000000000000004e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  37.8 
 
 
507 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 
491 aa  273  6e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  35.74 
 
 
487 aa  273  6e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  37.32 
 
 
493 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  37.9 
 
 
491 aa  272  1e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  34.99 
 
 
497 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  38.32 
 
 
493 aa  271  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  34.85 
 
 
497 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  33.73 
 
 
493 aa  269  7e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  37.88 
 
 
494 aa  269  7e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  35.26 
 
 
497 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  36.99 
 
 
492 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  35.22 
 
 
489 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  36.99 
 
 
492 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  36.71 
 
 
492 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  36.49 
 
 
495 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  36.79 
 
 
492 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  35.04 
 
 
497 aa  267  4e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0578  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.5 
 
 
526 aa  267  4e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  36.85 
 
 
497 aa  266  7e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  35.38 
 
 
507 aa  266  7e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  34.79 
 
 
497 aa  266  8e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>