279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0177 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
543 aa  1105    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  75.22 
 
 
548 aa  819    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  77.5 
 
 
545 aa  865    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  75.81 
 
 
546 aa  826    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  76.8 
 
 
553 aa  863    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  76.17 
 
 
546 aa  831    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  84.43 
 
 
546 aa  916    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.99 
 
 
520 aa  612  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  60.19 
 
 
524 aa  599  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  59.35 
 
 
512 aa  593  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.77 
 
 
526 aa  581  1.0000000000000001e-165  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.89 
 
 
511 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  55.41 
 
 
513 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.98 
 
 
516 aa  568  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.48 
 
 
518 aa  570  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.32 
 
 
511 aa  565  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  58.13 
 
 
511 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  54.17 
 
 
519 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  54.25 
 
 
520 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  57.14 
 
 
503 aa  560  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  51.89 
 
 
513 aa  555  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  52.1 
 
 
500 aa  546  1e-154  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  52.1 
 
 
500 aa  547  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  55.23 
 
 
504 aa  539  9.999999999999999e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.28 
 
 
515 aa  533  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  54.67 
 
 
500 aa  526  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  50.85 
 
 
493 aa  509  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  54.01 
 
 
502 aa  505  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.33 
 
 
528 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  51.67 
 
 
482 aa  478  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  50.87 
 
 
484 aa  458  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  48.75 
 
 
507 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  48.46 
 
 
498 aa  433  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  45.66 
 
 
490 aa  402  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.7 
 
 
510 aa  371  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.14 
 
 
466 aa  353  5.9999999999999994e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  52.96 
 
 
458 aa  352  8e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.35 
 
 
456 aa  327  3e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  39.62 
 
 
511 aa  326  8.000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  37.96 
 
 
482 aa  320  3.9999999999999996e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  37.67 
 
 
497 aa  318  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  37.28 
 
 
497 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.4 
 
 
477 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  36.21 
 
 
477 aa  313  5.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  36.21 
 
 
477 aa  313  5.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  36.21 
 
 
477 aa  313  5.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  36.21 
 
 
477 aa  313  5.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  36.21 
 
 
477 aa  313  5.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  36.21 
 
 
477 aa  313  5.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  36.21 
 
 
477 aa  313  5.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  36.21 
 
 
477 aa  313  5.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  36.78 
 
 
477 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  36.78 
 
 
477 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  36.78 
 
 
477 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  36.78 
 
 
477 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 
501 aa  311  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  36.76 
 
 
505 aa  311  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.21 
 
 
505 aa  311  2e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  36.59 
 
 
477 aa  311  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  37.86 
 
 
497 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  37.86 
 
 
497 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  37.09 
 
 
497 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  40.04 
 
 
501 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  36.59 
 
 
477 aa  308  2.0000000000000002e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.91 
 
 
489 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 
498 aa  307  3e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 
498 aa  307  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  36.9 
 
 
493 aa  307  4.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  39.7 
 
 
513 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  37.5 
 
 
497 aa  306  6e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  39.62 
 
 
505 aa  306  7e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  36.33 
 
 
497 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  39.81 
 
 
501 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  40.04 
 
 
501 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.31 
 
 
511 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  39.46 
 
 
505 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  39.58 
 
 
501 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  39.5 
 
 
492 aa  303  6.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  37.29 
 
 
507 aa  303  7.000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.16 
 
 
474 aa  303  7.000000000000001e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  36.88 
 
 
477 aa  301  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  37.61 
 
 
499 aa  301  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  39.51 
 
 
513 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  39.51 
 
 
513 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.99 
 
 
497 aa  301  3e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  39.08 
 
 
503 aa  301  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  39.96 
 
 
502 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  37.6 
 
 
478 aa  300  4e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  39.32 
 
 
513 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  39.96 
 
 
502 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  39.96 
 
 
502 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  38.73 
 
 
493 aa  300  6e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  39.96 
 
 
502 aa  300  6e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  38.55 
 
 
503 aa  298  2e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  36.71 
 
 
477 aa  298  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  38.14 
 
 
508 aa  295  1e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  38.55 
 
 
503 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  37.5 
 
 
497 aa  294  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  37.94 
 
 
488 aa  293  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  36.02 
 
 
477 aa  293  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>