279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2501 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  100 
 
 
511 aa  1029    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  99.22 
 
 
511 aa  1019    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  81.52 
 
 
512 aa  798    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  93.35 
 
 
511 aa  919    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  77.69 
 
 
503 aa  745    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  78.61 
 
 
518 aa  771    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  81.45 
 
 
524 aa  800    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  59.4 
 
 
545 aa  607  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  59.01 
 
 
546 aa  601  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  59.16 
 
 
543 aa  601  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  58.9 
 
 
546 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.94 
 
 
526 aa  595  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  58.68 
 
 
546 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  57.76 
 
 
553 aa  591  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  56.82 
 
 
548 aa  588  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.98 
 
 
520 aa  587  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  57.75 
 
 
516 aa  579  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.92 
 
 
515 aa  536  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  54.49 
 
 
504 aa  532  1e-150  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  53.45 
 
 
520 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  53.47 
 
 
513 aa  528  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  53.92 
 
 
519 aa  525  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  50.58 
 
 
513 aa  520  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  50.59 
 
 
500 aa  512  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  50.59 
 
 
500 aa  512  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  53.14 
 
 
493 aa  504  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  54.48 
 
 
502 aa  496  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  53.98 
 
 
500 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  53.74 
 
 
482 aa  461  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.89 
 
 
528 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  47.59 
 
 
507 aa  432  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  48.44 
 
 
484 aa  429  1e-119  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  46.84 
 
 
458 aa  410  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  48.84 
 
 
498 aa  410  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  47.35 
 
 
490 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.58 
 
 
510 aa  362  8e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  39.64 
 
 
477 aa  328  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  39.64 
 
 
477 aa  328  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  39.64 
 
 
477 aa  328  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  39.64 
 
 
477 aa  328  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.16 
 
 
466 aa  327  3e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  39.45 
 
 
477 aa  325  9e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.71 
 
 
456 aa  325  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  39.05 
 
 
477 aa  324  3e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  324  3e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  39.05 
 
 
477 aa  324  3e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  324  3e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  324  3e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  324  3e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  324  3e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  324  3e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.86 
 
 
477 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  316  5e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  39.57 
 
 
478 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  39.25 
 
 
477 aa  313  3.9999999999999997e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  39.45 
 
 
482 aa  313  4.999999999999999e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  40.24 
 
 
497 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  40.24 
 
 
477 aa  313  4.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  38.86 
 
 
477 aa  312  1e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  39.49 
 
 
497 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  39.49 
 
 
497 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  40.08 
 
 
497 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  39.38 
 
 
507 aa  310  4e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  38.1 
 
 
511 aa  310  5.9999999999999995e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  38.58 
 
 
497 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  39.48 
 
 
489 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  38.74 
 
 
511 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  38.46 
 
 
477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  38.86 
 
 
477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  38.86 
 
 
477 aa  306  8.000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  38.86 
 
 
477 aa  306  8.000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  38.36 
 
 
497 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  38.34 
 
 
497 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  39.72 
 
 
501 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  39.88 
 
 
501 aa  297  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40 
 
 
497 aa  296  6e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  36.7 
 
 
505 aa  295  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  38.95 
 
 
485 aa  295  1e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  39.48 
 
 
501 aa  295  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  39.48 
 
 
498 aa  295  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  39.48 
 
 
498 aa  295  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  38.58 
 
 
497 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.16 
 
 
505 aa  293  4e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
491 aa  293  6e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
513 aa  293  6e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  38.4 
 
 
489 aa  293  6e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.69 
 
 
501 aa  291  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.69 
 
 
501 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.55 
 
 
491 aa  291  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  38.04 
 
 
505 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  37.75 
 
 
475 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  38.04 
 
 
503 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.75 
 
 
475 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  37.89 
 
 
508 aa  290  3e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  39.13 
 
 
502 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  39.13 
 
 
502 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  39.13 
 
 
513 aa  291  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  39.13 
 
 
513 aa  291  3e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  39.13 
 
 
502 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  39.13 
 
 
502 aa  290  4e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>