279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0404 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  64.19 
 
 
520 aa  643    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  100 
 
 
482 aa  985    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  63.78 
 
 
519 aa  630  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  63.26 
 
 
513 aa  605  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  57.37 
 
 
528 aa  518  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  53.46 
 
 
513 aa  513  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  53.72 
 
 
500 aa  501  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  53.72 
 
 
500 aa  502  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  54.82 
 
 
545 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  59.8 
 
 
546 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  58.79 
 
 
548 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  52.09 
 
 
546 aa  479  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  51.46 
 
 
543 aa  475  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  59.3 
 
 
546 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  53.41 
 
 
493 aa  477  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  52.32 
 
 
553 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.83 
 
 
516 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.5 
 
 
526 aa  465  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  53.74 
 
 
511 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.74 
 
 
511 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.87 
 
 
520 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.74 
 
 
511 aa  451  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  56.59 
 
 
504 aa  447  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.83 
 
 
518 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  53.24 
 
 
500 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.66 
 
 
524 aa  431  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.02 
 
 
512 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.17 
 
 
515 aa  423  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.12 
 
 
503 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  51.63 
 
 
502 aa  393  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  46.35 
 
 
507 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  46.61 
 
 
484 aa  370  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  51.79 
 
 
498 aa  362  7.0000000000000005e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  48.56 
 
 
458 aa  345  7e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  48.02 
 
 
490 aa  341  1e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.61 
 
 
466 aa  312  7.999999999999999e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.41 
 
 
510 aa  296  5e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.04 
 
 
456 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  36.2 
 
 
497 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  36.2 
 
 
497 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  36.61 
 
 
489 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  37.86 
 
 
482 aa  280  4e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  36.21 
 
 
497 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  37.41 
 
 
497 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  40.53 
 
 
511 aa  278  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.75 
 
 
480 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  39.36 
 
 
497 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  37.66 
 
 
488 aa  273  4.0000000000000004e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  35.8 
 
 
497 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  38.37 
 
 
497 aa  270  5e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.73 
 
 
511 aa  270  5e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.53 
 
 
441 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  39.6 
 
 
497 aa  263  4e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  39.51 
 
 
508 aa  263  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
477 aa  263  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
477 aa  263  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
477 aa  263  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
477 aa  263  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
477 aa  262  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  38.58 
 
 
477 aa  259  7e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  37.53 
 
 
477 aa  259  8e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.53 
 
 
477 aa  259  8e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  37.8 
 
 
477 aa  259  8e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  37.53 
 
 
477 aa  259  8e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  37.53 
 
 
477 aa  259  8e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  37.53 
 
 
477 aa  259  8e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  37.53 
 
 
477 aa  259  8e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  37.53 
 
 
477 aa  259  8e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  37.53 
 
 
477 aa  259  8e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  37.53 
 
 
477 aa  259  8e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.11 
 
 
505 aa  259  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  36.5 
 
 
493 aa  258  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.14 
 
 
508 aa  256  8e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  38.66 
 
 
501 aa  256  8e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.89 
 
 
497 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0068  sigma-54 factor (RpoN2)  41.07 
 
 
444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1704  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.6 
 
 
438 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000294974 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  37.96 
 
 
478 aa  253  6e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  37.8 
 
 
477 aa  253  7e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  38.42 
 
 
501 aa  253  7e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  36.25 
 
 
503 aa  252  8.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  38.58 
 
 
505 aa  252  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  37.38 
 
 
507 aa  252  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  35.86 
 
 
477 aa  252  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  35.86 
 
 
477 aa  251  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  35.86 
 
 
477 aa  251  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  40.36 
 
 
501 aa  251  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  37.03 
 
 
498 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  37.03 
 
 
498 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  37.28 
 
 
501 aa  251  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  36.14 
 
 
487 aa  250  5e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.11 
 
 
497 aa  249  8e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  38.19 
 
 
501 aa  249  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  35.61 
 
 
503 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  37.27 
 
 
477 aa  248  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  36.48 
 
 
477 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  37.12 
 
 
485 aa  247  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  38.01 
 
 
478 aa  247  4e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.79 
 
 
453 aa  246  6e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  37.05 
 
 
513 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>