279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3935 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  76.11 
 
 
511 aa  726    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 
503 aa  1003    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  76.3 
 
 
511 aa  728    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  76.85 
 
 
511 aa  739    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  84.26 
 
 
518 aa  825    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  92.82 
 
 
512 aa  909    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  78.1 
 
 
524 aa  745    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  57.63 
 
 
543 aa  575  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  60.23 
 
 
520 aa  575  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  57.28 
 
 
526 aa  571  1e-161  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  56.61 
 
 
553 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  56.12 
 
 
546 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  56.14 
 
 
545 aa  569  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  56.74 
 
 
546 aa  562  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.34 
 
 
516 aa  560  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  54.91 
 
 
548 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  55.93 
 
 
546 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  57.37 
 
 
504 aa  535  1e-151  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.93 
 
 
515 aa  524  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  51.36 
 
 
513 aa  514  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  54.27 
 
 
493 aa  508  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  55.82 
 
 
502 aa  504  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  53.91 
 
 
513 aa  504  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  50.3 
 
 
500 aa  498  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  50.3 
 
 
500 aa  498  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  51.34 
 
 
519 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  51.34 
 
 
520 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  50.8 
 
 
500 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.24 
 
 
528 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  50.34 
 
 
482 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  50.6 
 
 
484 aa  427  1e-118  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  47.67 
 
 
507 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  48.02 
 
 
498 aa  400  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  46.88 
 
 
458 aa  399  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  45.33 
 
 
490 aa  389  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.05 
 
 
510 aa  354  2e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.82 
 
 
456 aa  331  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.6 
 
 
477 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  38.6 
 
 
477 aa  307  3e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  38.4 
 
 
477 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  38.4 
 
 
477 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
477 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
477 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
477 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
477 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
477 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  39.56 
 
 
478 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
477 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 
477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  39.48 
 
 
497 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  39.72 
 
 
477 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  39.26 
 
 
511 aa  305  1.0000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.64 
 
 
466 aa  304  2.0000000000000002e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  39.44 
 
 
477 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  39.2 
 
 
477 aa  303  6.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  38.28 
 
 
497 aa  302  9e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  38.29 
 
 
482 aa  302  9e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  38.28 
 
 
497 aa  302  9e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  38.6 
 
 
477 aa  301  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  39.2 
 
 
477 aa  302  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  39.2 
 
 
477 aa  302  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  39.33 
 
 
477 aa  301  3e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  38.48 
 
 
497 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  38.17 
 
 
497 aa  300  6e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  37.27 
 
 
497 aa  298  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
489 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  37.57 
 
 
497 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  38.66 
 
 
481 aa  292  8e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  37.08 
 
 
511 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  37.69 
 
 
507 aa  292  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  38.8 
 
 
497 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  38.74 
 
 
485 aa  288  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.35 
 
 
475 aa  286  5.999999999999999e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  38.35 
 
 
475 aa  286  5.999999999999999e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  38.28 
 
 
493 aa  286  9e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  38.17 
 
 
505 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.46 
 
 
480 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.58 
 
 
491 aa  283  4.0000000000000003e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  36.4 
 
 
461 aa  283  4.0000000000000003e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  38.85 
 
 
499 aa  282  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.92 
 
 
497 aa  281  1e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  38.29 
 
 
501 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  38.69 
 
 
501 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
513 aa  281  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  38.11 
 
 
501 aa  280  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  36.36 
 
 
493 aa  280  5e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  35.84 
 
 
505 aa  280  6e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.03 
 
 
472 aa  280  6e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  38.05 
 
 
478 aa  279  7e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  38.39 
 
 
508 aa  279  7e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.9 
 
 
470 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  38.1 
 
 
502 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  38.1 
 
 
502 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  38.1 
 
 
502 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 
501 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  38.1 
 
 
513 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>