279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2429 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 
511 aa  1025    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  78.53 
 
 
503 aa  746    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  76.23 
 
 
518 aa  761    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  80.97 
 
 
512 aa  792    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  81.25 
 
 
524 aa  799    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  93.35 
 
 
511 aa  900    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  93.35 
 
 
511 aa  899    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  59.92 
 
 
545 aa  612  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  59.66 
 
 
543 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  61.55 
 
 
520 aa  601  1.0000000000000001e-171  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  59.28 
 
 
546 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  59.01 
 
 
546 aa  599  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  59.07 
 
 
553 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  57.57 
 
 
548 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  59.4 
 
 
546 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  57.95 
 
 
526 aa  593  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.14 
 
 
516 aa  587  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.18 
 
 
515 aa  544  1e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  55.56 
 
 
504 aa  540  9.999999999999999e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  53.27 
 
 
520 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  52.65 
 
 
513 aa  522  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  53.27 
 
 
519 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  51.16 
 
 
500 aa  513  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  51.16 
 
 
500 aa  513  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  50.39 
 
 
513 aa  511  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  53.36 
 
 
493 aa  499  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  54.44 
 
 
502 aa  494  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  52.88 
 
 
500 aa  481  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  52.37 
 
 
482 aa  460  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.89 
 
 
528 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  49.8 
 
 
484 aa  433  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  48.45 
 
 
507 aa  430  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  48.55 
 
 
498 aa  409  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  47.04 
 
 
490 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  46.05 
 
 
458 aa  395  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.2 
 
 
510 aa  355  7.999999999999999e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.85 
 
 
466 aa  327  2.0000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  39.45 
 
 
477 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  39.45 
 
 
477 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  39.45 
 
 
477 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  39.45 
 
 
477 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  39.26 
 
 
477 aa  322  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  39.05 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  39.05 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.05 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.86 
 
 
477 aa  320  3e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.11 
 
 
456 aa  320  3e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  39.25 
 
 
477 aa  317  3e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  38.3 
 
 
511 aa  317  3e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  40.08 
 
 
497 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  40.04 
 
 
477 aa  312  7.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  39.17 
 
 
478 aa  311  2e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  39.02 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  39.37 
 
 
477 aa  309  6.999999999999999e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  40.43 
 
 
477 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  37.99 
 
 
497 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  38.26 
 
 
482 aa  308  2.0000000000000002e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  40.43 
 
 
477 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  40.43 
 
 
477 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  37.87 
 
 
497 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  38.26 
 
 
511 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  38.87 
 
 
491 aa  306  7e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  38.51 
 
 
497 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  37.6 
 
 
497 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  38.51 
 
 
497 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  39.57 
 
 
497 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  38.78 
 
 
477 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  38.22 
 
 
507 aa  303  6.000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  38.29 
 
 
489 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  38.99 
 
 
489 aa  300  4e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  39.92 
 
 
501 aa  300  5e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  40.08 
 
 
501 aa  299  9e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  39.88 
 
 
501 aa  299  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  39.88 
 
 
498 aa  299  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  39.88 
 
 
498 aa  299  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  39.09 
 
 
513 aa  298  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.65 
 
 
497 aa  296  5e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  37.99 
 
 
497 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  39.09 
 
 
513 aa  293  6e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  39.09 
 
 
513 aa  293  6e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  36.17 
 
 
505 aa  292  8e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  39.09 
 
 
502 aa  292  8e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  39.09 
 
 
502 aa  292  8e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  39.09 
 
 
502 aa  292  8e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.26 
 
 
501 aa  292  9e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  39.09 
 
 
502 aa  292  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  39.09 
 
 
513 aa  292  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  38.87 
 
 
485 aa  292  1e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  39.29 
 
 
501 aa  292  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.26 
 
 
501 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  38.19 
 
 
487 aa  291  3e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  36.88 
 
 
501 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  36.66 
 
 
493 aa  291  3e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  36.75 
 
 
489 aa  290  5.0000000000000004e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.46 
 
 
505 aa  290  5.0000000000000004e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>