279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1283 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  83.02 
 
 		 481 aa  836    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  77.02 
 
 		 481 aa  777    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  70.21 
 
 		 515 aa  729    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  67.22 
 
 		 482 aa  667    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  100 
 
 		 483 aa  993    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  69.44 
 
 		 515 aa  722    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  67.91 
 
 		 479 aa  653    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  61.73 
 
 		 485 aa  609  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.98 
 
 		 501 aa  511  1e-143  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.29 
 
 		 494 aa  508  1e-143  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  52.78 
 
 		 501 aa  511  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.98 
 
 		 501 aa  510  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.46 
 
 		 501 aa  500  1e-140  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.83 
 
 		 480 aa  497  1e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.34 
 
 		 475 aa  449  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.76 
 
 		 488 aa  435  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.8 
 
 		 474 aa  427  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.19 
 
 		 476 aa  428  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.53 
 
 		 477 aa  422  1e-117  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  45.19 
 
 		 474 aa  419  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.29 
 
 		 474 aa  392  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.04 
 
 		 510 aa  381  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.88 
 
 		 472 aa  376  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.71 
 
 		 470 aa  361  2e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  39.07 
 
 		 497 aa  348  1e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  39.88 
 
 		 507 aa  345  1e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  41.49 
 
 		 461 aa  345  1e-93  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  38.79 
 
 		 497 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 		 487 aa  343  4e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  39.5 
 
 		 482 aa  342  9e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  38.59 
 
 		 497 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  38.59 
 
 		 497 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  38.54 
 
 		 489 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  38.46 
 
 		 497 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.31 
 
 		 489 aa  339  8e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  38.75 
 
 		 477 aa  338  9e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  38.54 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  39.09 
 
 		 477 aa  336  5.999999999999999e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 		 477 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 		 477 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 		 477 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 		 477 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 		 477 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.42 
 
 		 477 aa  333  4e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  39.21 
 
 		 477 aa  333  5e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  39.21 
 
 		 477 aa  333  5e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  39.21 
 
 		 477 aa  333  5e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  39.21 
 
 		 477 aa  333  5e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  39.21 
 
 		 477 aa  333  5e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  39.21 
 
 		 477 aa  333  5e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  39.21 
 
 		 477 aa  333  5e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.21 
 
 		 477 aa  333  5e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.54 
 
 		 505 aa  332  9e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  40 
 
 		 461 aa  332  1e-89  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  37.92 
 
 		 477 aa  332  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  39.02 
 
 		 497 aa  330  4e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  38.76 
 
 		 478 aa  329  5.0000000000000004e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  37.25 
 
 		 497 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  37.25 
 
 		 511 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  39.39 
 
 		 487 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  37.47 
 
 		 477 aa  327  3e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  38.63 
 
 		 491 aa  327  3e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  36.79 
 
 		 497 aa  326  5e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.96 
 
 		 479 aa  325  1e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  37.98 
 
 		 511 aa  325  1e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  39.27 
 
 		 484 aa  324  2e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  38.78 
 
 		 477 aa  324  2e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  39.59 
 
 		 488 aa  323  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  38.56 
 
 		 477 aa  323  4e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  38.56 
 
 		 477 aa  323  4e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  38.49 
 
 		 475 aa  323  5e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.49 
 
 		 475 aa  323  5e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  38.21 
 
 		 489 aa  323  5e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  38.22 
 
 		 505 aa  317  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  37.43 
 
 		 508 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.15 
 
 		 497 aa  314  2.9999999999999996e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  35.53 
 
 		 493 aa  312  7.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36 
 
 		 497 aa  311  2e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 		 493 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 		 492 aa  304  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.67 
 
 		 515 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.33 
 
 		 491 aa  302  1e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  37.72 
 
 		 502 aa  299  9e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37 
 
 		 526 aa  297  3e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.14 
 
 		 520 aa  294  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  38.54 
 
 		 491 aa  293  4e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  37 
 
 		 500 aa  293  4e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  38.99 
 
 		 494 aa  293  4e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  38.34 
 
 		 491 aa  293  5e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.94 
 
 		 484 aa  293  5e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1205  sigma-54 (RpoN)  35.89 
 
 		 500 aa  293  7e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  35.83 
 
 		 478 aa  292  8e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  37.28 
 
 		 513 aa  292  8e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  38.54 
 
 		 491 aa  292  8e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  37.28 
 
 		 513 aa  292  8e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.84 
 
 		 467 aa  292  9e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  37.6 
 
 		 502 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  37.6 
 
 		 502 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  38.38 
 
 		 504 aa  292  1e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  37.6 
 
 		 502 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>