279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0869 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  70.1 
 
 
481 aa  741    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  75.92 
 
 
481 aa  797    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  69.44 
 
 
483 aa  721    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  98.06 
 
 
515 aa  1035    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 
515 aa  1051    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  62.36 
 
 
482 aa  634  1e-180  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  62.14 
 
 
479 aa  626  1e-178  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  55.77 
 
 
485 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.66 
 
 
501 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  48.47 
 
 
501 aa  480  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.66 
 
 
501 aa  480  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.76 
 
 
501 aa  474  1e-132  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.5 
 
 
494 aa  472  1e-132  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.59 
 
 
480 aa  450  1e-125  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.27 
 
 
475 aa  424  1e-117  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.64 
 
 
476 aa  424  1e-117  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  42.72 
 
 
474 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.02 
 
 
488 aa  406  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.32 
 
 
474 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.68 
 
 
477 aa  403  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.57 
 
 
474 aa  385  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.15 
 
 
510 aa  366  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.52 
 
 
472 aa  347  3e-94  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.04 
 
 
470 aa  346  7e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  37.8 
 
 
461 aa  336  7.999999999999999e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  36.96 
 
 
477 aa  331  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  37.74 
 
 
497 aa  331  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.28 
 
 
477 aa  330  4e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  38.09 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  329  7e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  38.09 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  38.17 
 
 
489 aa  328  1.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  37.33 
 
 
497 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  38.34 
 
 
487 aa  327  3e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  37.16 
 
 
477 aa  327  3e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  37.33 
 
 
497 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.48 
 
 
489 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
477 aa  326  5e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  36.95 
 
 
497 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  39.06 
 
 
475 aa  326  6e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.06 
 
 
475 aa  326  6e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  37.86 
 
 
477 aa  325  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  38.8 
 
 
461 aa  325  1e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  37.86 
 
 
477 aa  325  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  37.74 
 
 
497 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  36.65 
 
 
478 aa  324  2e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  36.42 
 
 
477 aa  324  3e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  36.48 
 
 
507 aa  323  3e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1662  sigma-54, RpoN  34.43 
 
 
577 aa  323  3e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.125129  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  36.74 
 
 
477 aa  324  3e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  37.62 
 
 
482 aa  323  6e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 
477 aa  322  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 
477 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  36.54 
 
 
477 aa  320  3e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.87 
 
 
505 aa  320  5e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  36.59 
 
 
497 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.4 
 
 
511 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  36.86 
 
 
511 aa  316  6e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  37.55 
 
 
497 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  36.4 
 
 
497 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  36.95 
 
 
491 aa  315  1.9999999999999998e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  36.47 
 
 
489 aa  313  4.999999999999999e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.69 
 
 
491 aa  312  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  36.8 
 
 
508 aa  311  2e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  36.03 
 
 
487 aa  309  9e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  36.8 
 
 
488 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  37.43 
 
 
493 aa  303  6.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  35.84 
 
 
493 aa  302  7.000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  36.24 
 
 
484 aa  302  8.000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  36.42 
 
 
492 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  36.67 
 
 
505 aa  300  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  36.7 
 
 
501 aa  300  4e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.82 
 
 
479 aa  300  5e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  36.53 
 
 
501 aa  299  8e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  37 
 
 
499 aa  298  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.6 
 
 
497 aa  298  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  36.6 
 
 
501 aa  298  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  35.57 
 
 
513 aa  297  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  35.57 
 
 
513 aa  297  3e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  35.85 
 
 
502 aa  296  7e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  35.85 
 
 
502 aa  296  7e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  35.85 
 
 
502 aa  296  7e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  35.38 
 
 
513 aa  295  9e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  35.57 
 
 
513 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  35.85 
 
 
502 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.99 
 
 
526 aa  294  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  35.85 
 
 
501 aa  294  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.45 
 
 
497 aa  294  3e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  34.5 
 
 
478 aa  293  4e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  37.02 
 
 
491 aa  293  5e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  34.06 
 
 
464 aa  293  6e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  36.83 
 
 
491 aa  293  7e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>