279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0673 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  63.89 
 
 
477 aa  634    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  64.68 
 
 
505 aa  660    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  98.17 
 
 
491 aa  1001    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  63.89 
 
 
477 aa  634    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  63.49 
 
 
477 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  92.28 
 
 
492 aa  887    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  63.89 
 
 
477 aa  634    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  92.07 
 
 
492 aa  885    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  63.89 
 
 
489 aa  640    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  63.89 
 
 
477 aa  634    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  63.69 
 
 
477 aa  636    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  63.89 
 
 
477 aa  634    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  63.49 
 
 
477 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  81.87 
 
 
487 aa  773    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  64.72 
 
 
491 aa  637    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  63.89 
 
 
477 aa  634    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  83.98 
 
 
493 aa  810    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  92.07 
 
 
492 aa  886    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  63.49 
 
 
477 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  81.09 
 
 
497 aa  790    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  65.61 
 
 
497 aa  664    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  92.07 
 
 
492 aa  886    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  63.49 
 
 
477 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  83.23 
 
 
495 aa  808    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  62.88 
 
 
477 aa  641    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
491 aa  1014    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  99.8 
 
 
491 aa  1013    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  84.04 
 
 
494 aa  810    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  81.14 
 
 
493 aa  797    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  63.89 
 
 
477 aa  634    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  65.52 
 
 
489 aa  648    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  98.98 
 
 
491 aa  1003    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  95.72 
 
 
491 aa  923    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  81.21 
 
 
493 aa  786    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  66.26 
 
 
493 aa  668    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  63.89 
 
 
477 aa  634    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  63.49 
 
 
477 aa  631  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  62.47 
 
 
477 aa  630  1e-179  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  62.47 
 
 
477 aa  629  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  62.47 
 
 
477 aa  629  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  60.85 
 
 
477 aa  615  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  60.65 
 
 
477 aa  616  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  60.65 
 
 
477 aa  614  9.999999999999999e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  59.92 
 
 
478 aa  612  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  62.88 
 
 
487 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  60.65 
 
 
477 aa  610  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  58.12 
 
 
511 aa  587  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  58.5 
 
 
507 aa  577  1.0000000000000001e-163  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  58.52 
 
 
497 aa  569  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  58.08 
 
 
497 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  57.88 
 
 
511 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  56.65 
 
 
482 aa  561  1.0000000000000001e-159  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  58.57 
 
 
497 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  56.63 
 
 
497 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  59.24 
 
 
497 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  56.63 
 
 
497 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  56.44 
 
 
497 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  57 
 
 
497 aa  550  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  57.34 
 
 
489 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.91 
 
 
484 aa  541  1e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.69 
 
 
505 aa  538  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  57.76 
 
 
488 aa  536  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  52.83 
 
 
508 aa  536  1e-151  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.2 
 
 
491 aa  530  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  52.51 
 
 
487 aa  510  1e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.92 
 
 
508 aa  478  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  49.09 
 
 
464 aa  474  1e-132  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  49.09 
 
 
464 aa  474  1e-132  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.4 
 
 
497 aa  472  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  50.1 
 
 
502 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  48.28 
 
 
475 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.28 
 
 
475 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2226  sigma-54 RpoN  49.3 
 
 
477 aa  424  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  47.37 
 
 
478 aa  420  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  44.58 
 
 
502 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  44.58 
 
 
502 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  44.58 
 
 
513 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  44.58 
 
 
502 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  44.58 
 
 
513 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  43 
 
 
488 aa  413  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  45.17 
 
 
513 aa  412  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  44.58 
 
 
513 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  44.27 
 
 
501 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  44.58 
 
 
502 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  45.26 
 
 
505 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  45.08 
 
 
501 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  44.47 
 
 
501 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  44.6 
 
 
503 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  44.66 
 
 
505 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  44.86 
 
 
498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  44.86 
 
 
498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  45.38 
 
 
501 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  44.79 
 
 
501 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  43.39 
 
 
499 aa  394  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  44.02 
 
 
493 aa  391  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  42.36 
 
 
503 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1205  sigma-54 (RpoN)  43.66 
 
 
500 aa  387  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  43.03 
 
 
503 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.48 
 
 
525 aa  384  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  42.89 
 
 
489 aa  384  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>