279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0150 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 
475 aa  974    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  67.08 
 
 
476 aa  649    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  64.11 
 
 
474 aa  629  1e-179  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  65.27 
 
 
477 aa  630  1e-179  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  60.46 
 
 
474 aa  577  1.0000000000000001e-163  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  63.45 
 
 
474 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.14 
 
 
480 aa  455  1e-127  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  47.34 
 
 
481 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.7 
 
 
494 aa  449  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  47.91 
 
 
501 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.71 
 
 
501 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  46.3 
 
 
481 aa  442  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  46.73 
 
 
485 aa  443  1e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  46.93 
 
 
483 aa  442  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.51 
 
 
501 aa  442  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.42 
 
 
501 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.71 
 
 
482 aa  429  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.5 
 
 
515 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.5 
 
 
515 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.39 
 
 
488 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.38 
 
 
479 aa  392  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.58 
 
 
510 aa  348  1e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  41.15 
 
 
511 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  37.75 
 
 
497 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  37.75 
 
 
497 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  37.55 
 
 
497 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.3 
 
 
489 aa  333  5e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  37.45 
 
 
497 aa  332  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.45 
 
 
470 aa  331  2e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.2 
 
 
505 aa  331  2e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  38.77 
 
 
507 aa  330  3e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  37.8 
 
 
497 aa  328  9e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 
477 aa  326  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 
477 aa  326  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 
477 aa  326  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 
477 aa  326  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 
477 aa  326  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.8 
 
 
511 aa  325  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  37.99 
 
 
477 aa  325  1e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  37.05 
 
 
497 aa  325  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  37.15 
 
 
493 aa  323  4e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  323  5e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  37.99 
 
 
478 aa  323  5e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  39.76 
 
 
489 aa  323  6e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  37.37 
 
 
477 aa  323  6e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  38.8 
 
 
491 aa  322  9.999999999999999e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  37.37 
 
 
477 aa  321  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  37.45 
 
 
497 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  320  5e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.46 
 
 
472 aa  317  2e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 
487 aa  317  3e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  37.3 
 
 
477 aa  317  4e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.3 
 
 
477 aa  317  4e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  37.3 
 
 
477 aa  317  4e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  37.3 
 
 
477 aa  317  4e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  37.3 
 
 
477 aa  317  4e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  37.3 
 
 
477 aa  317  4e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  37.3 
 
 
477 aa  317  4e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  37.3 
 
 
477 aa  317  4e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  37.3 
 
 
477 aa  317  4e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  38.79 
 
 
487 aa  316  6e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  37.73 
 
 
482 aa  315  9.999999999999999e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  37.45 
 
 
489 aa  313  5.999999999999999e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  37.8 
 
 
497 aa  312  9e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  37.8 
 
 
488 aa  311  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  37.08 
 
 
477 aa  311  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  37.08 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  37.08 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.87 
 
 
479 aa  310  5e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  38.78 
 
 
461 aa  309  8e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  37.06 
 
 
505 aa  308  1.0000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.14 
 
 
497 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.37 
 
 
484 aa  306  8.000000000000001e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.79 
 
 
491 aa  303  4.0000000000000003e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  35.5 
 
 
508 aa  303  6.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  38.86 
 
 
491 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  38.66 
 
 
491 aa  300  4e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  38.64 
 
 
461 aa  299  8e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  38.66 
 
 
491 aa  299  8e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  38.66 
 
 
491 aa  298  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.09 
 
 
508 aa  297  3e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.57 
 
 
497 aa  296  4e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  38.8 
 
 
491 aa  294  2e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  39.31 
 
 
493 aa  294  3e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 
464 aa  293  6e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 
464 aa  292  8e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  38.03 
 
 
500 aa  292  9e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  37.11 
 
 
475 aa  292  9e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.11 
 
 
475 aa  292  9e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.36 
 
 
467 aa  290  6e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  37.94 
 
 
487 aa  289  6e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  38.18 
 
 
492 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  37.45 
 
 
502 aa  288  2e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  38.18 
 
 
492 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  36.38 
 
 
493 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  38.18 
 
 
492 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  38.18 
 
 
492 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  36.64 
 
 
492 aa  286  5e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  36.97 
 
 
493 aa  286  7e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.34 
 
 
453 aa  285  9e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>