279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_4719 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 467 aa  946    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.81 
 
 		 472 aa  504  1e-141  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.36 
 
 		 470 aa  486  1e-136  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  49.89 
 
 		 461 aa  430  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  46.04 
 
 		 461 aa  402  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.53 
 
 		 479 aa  395  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.5 
 
 		 453 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  37.9 
 
 		 501 aa  333  4e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.03 
 
 		 480 aa  332  7.000000000000001e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.7 
 
 		 501 aa  331  2e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.7 
 
 		 501 aa  330  2e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  39.2 
 
 		 485 aa  330  4e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  38.61 
 
 		 481 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.51 
 
 		 501 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15850  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.53 
 
 		 436 aa  323  3e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.36 
 
 		 475 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  39.07 
 
 		 481 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1303  RNA polymerase factor sigma-54  39.21 
 
 		 461 aa  320  5e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.357078  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.96 
 
 		 474 aa  319  5e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.45 
 
 		 494 aa  319  9e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1513  RNA polymerase factor sigma-54  39 
 
 		 461 aa  318  2e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  39.4 
 
 		 474 aa  317  4e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  37.84 
 
 		 483 aa  315  8e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.02 
 
 		 477 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.69 
 
 		 479 aa  312  7.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  39.8 
 
 		 500 aa  310  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.27 
 
 		 476 aa  307  3e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.6 
 
 		 482 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.3 
 
 		 474 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  35.61 
 
 		 484 aa  302  7.000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.27 
 
 		 515 aa  302  8.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.47 
 
 		 515 aa  301  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.36 
 
 		 510 aa  300  3e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.16 
 
 		 520 aa  299  6e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 		 478 aa  298  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  37.4 
 
 		 513 aa  296  6e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  36.57 
 
 		 477 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  36.57 
 
 		 477 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  36.57 
 
 		 477 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  36.57 
 
 		 477 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  36.57 
 
 		 477 aa  295  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  37.2 
 
 		 513 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  35.89 
 
 		 477 aa  293  3e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  37.2 
 
 		 513 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  37.2 
 
 		 502 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  37.2 
 
 		 502 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  37.2 
 
 		 502 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  36.8 
 
 		 513 aa  293  5e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  36.36 
 
 		 477 aa  292  9e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  36.36 
 
 		 477 aa  292  9e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 		 477 aa  292  9e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  37.2 
 
 		 502 aa  292  9e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 		 477 aa  292  9e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 		 477 aa  292  9e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 		 477 aa  292  9e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 		 477 aa  292  9e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 		 477 aa  292  9e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.59 
 
 		 488 aa  291  2e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  35.74 
 
 		 497 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.22 
 
 		 526 aa  290  4e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.16 
 
 		 477 aa  289  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  35.47 
 
 		 497 aa  289  7e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  37.4 
 
 		 477 aa  289  9e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  35.95 
 
 		 477 aa  289  9e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.43 
 
 		 515 aa  289  9e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  35.95 
 
 		 477 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  35.95 
 
 		 477 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  37.5 
 
 		 435 aa  287  2e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  34.74 
 
 		 497 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  34.74 
 
 		 497 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  36.83 
 
 		 477 aa  286  5.999999999999999e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  34.27 
 
 		 493 aa  286  8e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  34 
 
 		 497 aa  286  8e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.76 
 
 		 516 aa  286  8e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  34.83 
 
 		 489 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  37.1 
 
 		 499 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  34.87 
 
 		 497 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  36.4 
 
 		 493 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  34.61 
 
 		 497 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  36.98 
 
 		 477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  36.76 
 
 		 501 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  35.74 
 
 		 477 aa  281  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  36.24 
 
 		 501 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4821  RNA polymerase factor sigma-54  35.93 
 
 		 435 aa  280  3e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  36 
 
 		 505 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  36.58 
 
 		 498 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  36.58 
 
 		 498 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  34.47 
 
 		 511 aa  280  5e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  35.97 
 
 		 501 aa  280  5e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  35.45 
 
 		 546 aa  280  5e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.6 
 
 		 497 aa  280  5e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  36.28 
 
 		 543 aa  280  6e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  35.71 
 
 		 482 aa  279  8e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  33.74 
 
 		 500 aa  278  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4831  RNA polymerase factor sigma-54  35.71 
 
 		 435 aa  278  1e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.623115  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  36.2 
 
 		 501 aa  279  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  35.71 
 
 		 435 aa  278  1e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  35.23 
 
 		 498 aa  278  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5227  RNA polymerase factor sigma-54  35.71 
 
 		 435 aa  278  1e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  33.74 
 
 		 500 aa  278  1e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>