279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2750 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 480 aa  983    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  43.64 
 
 		 490 aa  385  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  41.68 
 
 		 484 aa  376  1e-103  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.45 
 
 		 488 aa  370  1e-101  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.92 
 
 		 486 aa  372  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  43.12 
 
 		 483 aa  370  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.36 
 
 		 483 aa  363  2e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.48 
 
 		 497 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  40.94 
 
 		 485 aa  348  1e-94  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.83 
 
 		 522 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  40.65 
 
 		 479 aa  334  2e-90  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  33.62 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  33.62 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  33.62 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  33.62 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  33.62 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  32.05 
 
 		 507 aa  265  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 511 aa  264  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.93 
 
 		 477 aa  260  4e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  34.22 
 
 		 485 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  32.52 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  32.52 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  32.52 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  32.52 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  32.52 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.52 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  32.52 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  32.52 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  33.54 
 
 		 477 aa  256  8e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  32.99 
 
 		 488 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  32.26 
 
 		 497 aa  254  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  31.91 
 
 		 477 aa  253  7e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  32.64 
 
 		 482 aa  252  9.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  33.68 
 
 		 477 aa  252  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  33.68 
 
 		 477 aa  251  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  33.06 
 
 		 497 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  33.68 
 
 		 477 aa  251  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  32.19 
 
 		 477 aa  251  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  31.5 
 
 		 477 aa  250  4e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  32.38 
 
 		 493 aa  249  8e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.95 
 
 		 497 aa  249  1e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  32.02 
 
 		 505 aa  246  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.28 
 
 		 472 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  31.78 
 
 		 511 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.4 
 
 		 482 aa  245  9.999999999999999e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  32.06 
 
 		 497 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  32.06 
 
 		 497 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  31.65 
 
 		 497 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.43 
 
 		 475 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  32.43 
 
 		 475 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  32.61 
 
 		 508 aa  244  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  33.2 
 
 		 489 aa  244  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  31.05 
 
 		 497 aa  243  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  31.45 
 
 		 489 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.8 
 
 		 497 aa  243  6e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  32.24 
 
 		 497 aa  243  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  32.66 
 
 		 492 aa  242  9e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  31.24 
 
 		 478 aa  242  9e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  32.51 
 
 		 491 aa  241  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.47 
 
 		 482 aa  241  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.92 
 
 		 484 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  31.95 
 
 		 493 aa  240  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.87 
 
 		 515 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  32.27 
 
 		 503 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  31.94 
 
 		 503 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  33.06 
 
 		 497 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  32.12 
 
 		 481 aa  238  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.76 
 
 		 489 aa  237  3e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  31.74 
 
 		 488 aa  237  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  32.14 
 
 		 499 aa  237  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  32.58 
 
 		 489 aa  237  4e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.85 
 
 		 505 aa  237  4e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  32.64 
 
 		 487 aa  236  7e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  30.28 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.56 
 
 		 491 aa  233  4.0000000000000004e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.45 
 
 		 474 aa  233  5e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  32.39 
 
 		 481 aa  233  5e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  30.85 
 
 		 498 aa  233  6e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  30.85 
 
 		 498 aa  233  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  30.69 
 
 		 505 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  30.75 
 
 		 501 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  33.68 
 
 		 480 aa  232  9e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.92 
 
 		 515 aa  232  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  30.63 
 
 		 478 aa  232  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  31.85 
 
 		 489 aa  231  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  31.06 
 
 		 501 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  29.74 
 
 		 501 aa  231  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  30.36 
 
 		 464 aa  230  4e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  30.95 
 
 		 501 aa  230  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  30.14 
 
 		 501 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  32.11 
 
 		 474 aa  229  7e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  31.44 
 
 		 483 aa  229  8e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  30.36 
 
 		 464 aa  228  1e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.11 
 
 		 488 aa  229  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  31.57 
 
 		 484 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.45 
 
 		 482 aa  228  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  30.82 
 
 		 487 aa  228  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  37.94 
 
 		 491 aa  227  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  38.26 
 
 		 493 aa  228  3e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  30.16 
 
 		 505 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>