279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0852 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 497 aa  1010    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  58.95 
 
 		 490 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  57.95 
 
 		 483 aa  544  1e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.37 
 
 		 483 aa  523  1e-147  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  52.41 
 
 		 484 aa  503  1e-141  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.69 
 
 		 488 aa  500  1e-140  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.92 
 
 		 486 aa  499  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  45.24 
 
 		 485 aa  408  1.0000000000000001e-112  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.01 
 
 		 522 aa  387  1e-106  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  45.95 
 
 		 479 aa  388  1e-106  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.51 
 
 		 480 aa  380  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.81 
 
 		 489 aa  304  2.0000000000000002e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.68 
 
 		 482 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  39.92 
 
 		 480 aa  295  1e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1116  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.68 
 
 		 484 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.19 
 
 		 482 aa  283  5.000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.12 
 
 		 484 aa  280  4e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  35.34 
 
 		 478 aa  270  4e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 492 aa  268  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  32.63 
 
 		 511 aa  268  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  34.03 
 
 		 503 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.89 
 
 		 510 aa  265  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  33.59 
 
 		 493 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  33.78 
 
 		 507 aa  265  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  33.65 
 
 		 503 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  33.52 
 
 		 499 aa  261  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  31.93 
 
 		 511 aa  261  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  33.13 
 
 		 497 aa  261  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 487 aa  259  9e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  31.63 
 
 		 508 aa  258  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  31.41 
 
 		 497 aa  258  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  33.07 
 
 		 488 aa  257  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  32.06 
 
 		 497 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  33.6 
 
 		 477 aa  256  5e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  34.65 
 
 		 485 aa  256  7e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  31.53 
 
 		 497 aa  256  8e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  32.64 
 
 		 502 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 477 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  32.64 
 
 		 502 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  33.72 
 
 		 489 aa  255  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 477 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  32.64 
 
 		 502 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 477 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  33.07 
 
 		 491 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.91 
 
 		 494 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  32.64 
 
 		 513 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  32.28 
 
 		 475 aa  254  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.28 
 
 		 475 aa  254  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  32.64 
 
 		 502 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  32.64 
 
 		 513 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  32.64 
 
 		 513 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  32.68 
 
 		 493 aa  253  5.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.38 
 
 		 497 aa  253  5.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  32.74 
 
 		 477 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  32.74 
 
 		 477 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  32.74 
 
 		 477 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  32.74 
 
 		 477 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  31.26 
 
 		 497 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  31.26 
 
 		 497 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5435  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 493 aa  253  7e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.403044 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  31.96 
 
 		 482 aa  253  8.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  32.54 
 
 		 477 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  31.06 
 
 		 489 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  33.6 
 
 		 481 aa  251  2e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  31.87 
 
 		 503 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.54 
 
 		 480 aa  251  3e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  31.93 
 
 		 513 aa  250  4e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.05 
 
 		 521 aa  250  5e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  32 
 
 		 497 aa  249  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  32.48 
 
 		 477 aa  249  8e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  32.48 
 
 		 477 aa  249  8e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.48 
 
 		 477 aa  249  8e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  32.48 
 
 		 477 aa  249  8e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  32.48 
 
 		 477 aa  249  8e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  32.48 
 
 		 477 aa  249  8e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  31.84 
 
 		 530 aa  249  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  32.48 
 
 		 477 aa  249  8e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  32.57 
 
 		 498 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  32.57 
 
 		 498 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  32.48 
 
 		 477 aa  249  8e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  31.94 
 
 		 505 aa  249  9e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  32.82 
 
 		 505 aa  248  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  31.61 
 
 		 505 aa  249  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  32.38 
 
 		 501 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  32.42 
 
 		 477 aa  248  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.6 
 
 		 472 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  31.26 
 
 		 497 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.28 
 
 		 477 aa  247  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  30.36 
 
 		 490 aa  248  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.68 
 
 		 491 aa  247  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.84 
 
 		 505 aa  247  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.8 
 
 		 476 aa  247  3e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  32.88 
 
 		 501 aa  247  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 		 487 aa  246  4.9999999999999997e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  32.32 
 
 		 501 aa  246  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.27 
 
 		 474 aa  246  8e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  33.14 
 
 		 477 aa  246  9e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  32.14 
 
 		 507 aa  246  9e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  32.18 
 
 		 477 aa  245  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  32.35 
 
 		 478 aa  245  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>