278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plut_0929 on replicon NC_007512
Organism: Chlorobium luteolum DSM 273



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  100 
 
 		 480 aa  965    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  62.11 
 
 		 482 aa  585  1e-166  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1116  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  59.5 
 
 		 484 aa  547  1e-154  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  57.11 
 
 		 484 aa  526  1e-148  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  56.7 
 
 		 478 aa  521  1e-146  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.78 
 
 		 489 aa  487  1e-136  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.87 
 
 		 482 aa  450  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  37.76 
 
 		 483 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.63 
 
 		 497 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.78 
 
 		 522 aa  281  1e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  37.04 
 
 		 490 aa  277  3e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  37.15 
 
 		 485 aa  273  5.000000000000001e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.53 
 
 		 486 aa  264  3e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.05 
 
 		 488 aa  259  8e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.93 
 
 		 483 aa  255  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  33.86 
 
 		 505 aa  239  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  33.47 
 
 		 489 aa  235  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  33.33 
 
 		 479 aa  235  1.0000000000000001e-60  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  33 
 
 		 491 aa  233  6e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.75 
 
 		 480 aa  233  6e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  32.86 
 
 		 487 aa  232  1e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  33.27 
 
 		 484 aa  229  7e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  31.45 
 
 		 493 aa  225  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  31.81 
 
 		 497 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  224  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  31.8 
 
 		 507 aa  223  8e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.49 
 
 		 497 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  34.53 
 
 		 477 aa  219  6e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  33.13 
 
 		 477 aa  219  7e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  33.47 
 
 		 477 aa  219  7e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  32.65 
 
 		 477 aa  219  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  32.65 
 
 		 477 aa  219  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  32.65 
 
 		 477 aa  219  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  32.65 
 
 		 477 aa  219  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.17 
 
 		 477 aa  219  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  32.65 
 
 		 477 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  32.59 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  32.59 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  32.59 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  32.59 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  32.59 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  32.59 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  34.53 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.66 
 
 		 489 aa  218  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  32.59 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.59 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  34.53 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  31.94 
 
 		 497 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  33.47 
 
 		 477 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.78 
 
 		 491 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  32.09 
 
 		 478 aa  212  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.87 
 
 		 494 aa  212  1e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.49 
 
 		 510 aa  212  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  31.77 
 
 		 487 aa  211  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  33.12 
 
 		 492 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  33.12 
 
 		 492 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  33.12 
 
 		 492 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  33.12 
 
 		 492 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  33.76 
 
 		 491 aa  208  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  33.76 
 
 		 491 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  33.76 
 
 		 491 aa  208  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 491 aa  206  5e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  30.28 
 
 		 497 aa  206  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.61 
 
 		 501 aa  206  8e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  32.62 
 
 		 491 aa  206  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  31.55 
 
 		 477 aa  205  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  31.15 
 
 		 481 aa  204  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  31.11 
 
 		 481 aa  204  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  32.59 
 
 		 461 aa  204  3e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  36.75 
 
 		 493 aa  203  5e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.25 
 
 		 453 aa  203  6e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0695  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  30.57 
 
 		 495 aa  201  1.9999999999999998e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.02 
 
 		 479 aa  201  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  30.08 
 
 		 497 aa  201  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  34.41 
 
 		 454 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  35.1 
 
 		 435 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  31.28 
 
 		 488 aa  200  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  33.42 
 
 		 435 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  30.77 
 
 		 464 aa  200  5e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  31.85 
 
 		 488 aa  199  7e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  29.54 
 
 		 497 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  30.98 
 
 		 464 aa  199  7.999999999999999e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  29.37 
 
 		 497 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  31.89 
 
 		 500 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  29.37 
 
 		 497 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  32.83 
 
 		 465 aa  199  1.0000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  36.67 
 
 		 493 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  29.68 
 
 		 511 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0021  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.8 
 
 		 465 aa  198  2.0000000000000003e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  33.24 
 
 		 435 aa  197  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5245  RNA polymerase factor sigma-54  33.24 
 
 		 435 aa  197  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  31.14 
 
 		 483 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  29.37 
 
 		 497 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  31.98 
 
 		 511 aa  197  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  30.26 
 
 		 501 aa  197  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  35.84 
 
 		 487 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  30.39 
 
 		 482 aa  197  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  35.54 
 
 		 495 aa  196  7e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2650  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.52 
 
 		 498 aa  196  7e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  29.88 
 
 		 489 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>