279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0695 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0695  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  100 
 
 		 495 aa  1017    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.27 
 
 		 472 aa  276  5e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  34.61 
 
 		 481 aa  271  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  34.73 
 
 		 481 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  34.27 
 
 		 485 aa  265  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.59 
 
 		 453 aa  261  2e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  35.34 
 
 		 461 aa  261  2e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.1 
 
 		 510 aa  259  9e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.13 
 
 		 470 aa  257  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  32.32 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2650  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.27 
 
 		 498 aa  256  8e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  33.53 
 
 		 483 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.34 
 
 		 474 aa  254  3e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  31.64 
 
 		 477 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.64 
 
 		 477 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  31.64 
 
 		 477 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  31.64 
 
 		 477 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  31.64 
 
 		 477 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  31.64 
 
 		 477 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  31.64 
 
 		 477 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  31.64 
 
 		 477 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  31.64 
 
 		 477 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.91 
 
 		 522 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  32.8 
 
 		 477 aa  252  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  32.8 
 
 		 477 aa  252  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  35.21 
 
 		 461 aa  252  1e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  32.8 
 
 		 477 aa  252  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.93 
 
 		 482 aa  251  2e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.05 
 
 		 479 aa  251  2e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  32.59 
 
 		 477 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 		 497 aa  251  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  32.23 
 
 		 505 aa  250  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  32.8 
 
 		 489 aa  250  4e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.34 
 
 		 515 aa  249  7e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.69 
 
 		 494 aa  249  8e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  32.66 
 
 		 477 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  32.66 
 
 		 477 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  32.66 
 
 		 477 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  32.66 
 
 		 477 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  32.66 
 
 		 477 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  32.93 
 
 		 488 aa  248  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  31.99 
 
 		 491 aa  248  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.13 
 
 		 479 aa  248  2e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1205  sigma-54 (RpoN)  33.4 
 
 		 500 aa  247  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  31.74 
 
 		 492 aa  247  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  33.66 
 
 		 478 aa  246  6.999999999999999e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.65 
 
 		 515 aa  246  8e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  32.38 
 
 		 493 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  31.39 
 
 		 493 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.6 
 
 		 476 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  32.26 
 
 		 497 aa  244  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  33.27 
 
 		 474 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  31.78 
 
 		 477 aa  244  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.33 
 
 		 474 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.8 
 
 		 477 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  31.55 
 
 		 499 aa  243  6e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.6 
 
 		 480 aa  243  7e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  33.07 
 
 		 513 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  31.5 
 
 		 489 aa  242  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  32.26 
 
 		 497 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  33.07 
 
 		 513 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  31.24 
 
 		 478 aa  241  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  33.07 
 
 		 502 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  33.07 
 
 		 502 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  33.07 
 
 		 502 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  33.07 
 
 		 502 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  31.78 
 
 		 477 aa  241  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  32.8 
 
 		 497 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 		 504 aa  241  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  32.8 
 
 		 497 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  31.57 
 
 		 503 aa  240  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 513 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  32.19 
 
 		 497 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  32.22 
 
 		 513 aa  239  8e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  31.1 
 
 		 477 aa  239  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  31.3 
 
 		 503 aa  238  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  31.99 
 
 		 511 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  31.88 
 
 		 498 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  31.88 
 
 		 498 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  32.39 
 
 		 489 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.26 
 
 		 475 aa  237  3e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  33.67 
 
 		 497 aa  237  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  32.34 
 
 		 497 aa  237  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  32.02 
 
 		 501 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  31.72 
 
 		 511 aa  236  6e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  31.83 
 
 		 501 aa  236  7e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  32.09 
 
 		 501 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  31.89 
 
 		 501 aa  234  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  32.09 
 
 		 505 aa  234  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.39 
 
 		 497 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 494 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  32.02 
 
 		 503 aa  233  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  30.58 
 
 		 487 aa  233  5e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  29.35 
 
 		 507 aa  233  7.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.35 
 
 		 483 aa  233  7.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  34.69 
 
 		 484 aa  233  9e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  31.69 
 
 		 501 aa  232  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  31.3 
 
 		 482 aa  231  2e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.6 
 
 		 520 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  31.7 
 
 		 505 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>