279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0631 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 483 aa  975    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  65.5 
 
 		 483 aa  623  1e-177  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  57.64 
 
 		 490 aa  540  9.999999999999999e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.02 
 
 		 497 aa  515  1.0000000000000001e-145  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.31 
 
 		 488 aa  467  9.999999999999999e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  49.28 
 
 		 484 aa  455  1e-127  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.77 
 
 		 486 aa  451  1e-125  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  51.43 
 
 		 479 aa  449  1e-125  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.51 
 
 		 522 aa  390  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  43.9 
 
 		 485 aa  383  1e-105  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.58 
 
 		 480 aa  370  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  35.71 
 
 		 477 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  35.71 
 
 		 477 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  35.71 
 
 		 477 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  35.71 
 
 		 477 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 497 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  34.24 
 
 		 497 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 489 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  33.07 
 
 		 497 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  35.51 
 
 		 477 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  33.07 
 
 		 497 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 497 aa  280  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.31 
 
 		 482 aa  280  4e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  33.33 
 
 		 497 aa  279  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  34.56 
 
 		 508 aa  279  9e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  35.92 
 
 		 477 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  35.92 
 
 		 477 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  35.92 
 
 		 477 aa  276  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 511 aa  276  6e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  33.14 
 
 		 497 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.49 
 
 		 477 aa  273  7e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  34.19 
 
 		 505 aa  272  9e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  34.49 
 
 		 477 aa  272  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  34.49 
 
 		 477 aa  272  1e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  34.49 
 
 		 477 aa  272  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  34.49 
 
 		 477 aa  272  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  34.49 
 
 		 477 aa  272  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  34.49 
 
 		 477 aa  272  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  34.49 
 
 		 477 aa  272  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  34.49 
 
 		 477 aa  272  1e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.61 
 
 		 475 aa  271  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  35.61 
 
 		 475 aa  271  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  34.49 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.33 
 
 		 491 aa  270  5.9999999999999995e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  33.73 
 
 		 493 aa  268  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  33.33 
 
 		 482 aa  268  1e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  32.95 
 
 		 507 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.58 
 
 		 489 aa  267  2.9999999999999995e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  32.95 
 
 		 511 aa  266  8.999999999999999e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  34.9 
 
 		 477 aa  265  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.46 
 
 		 497 aa  264  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  34.13 
 
 		 489 aa  264  3e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  33.81 
 
 		 478 aa  263  4e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  33.67 
 
 		 478 aa  262  1e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  33.47 
 
 		 487 aa  261  2e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  32.5 
 
 		 465 aa  261  2e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  34.49 
 
 		 477 aa  261  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  34.29 
 
 		 477 aa  260  4e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.76 
 
 		 497 aa  260  4e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0670  RNA polymerase factor sigma-54  31.84 
 
 		 446 aa  259  8e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.702402  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  33.66 
 
 		 491 aa  259  8e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.21 
 
 		 484 aa  259  8e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.27 
 
 		 510 aa  259  9e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 497 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  33.72 
 
 		 513 aa  257  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.67 
 
 		 475 aa  256  5e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  34.89 
 
 		 480 aa  256  5e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  35.03 
 
 		 477 aa  256  5e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 502 aa  256  6e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 502 aa  256  6e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 502 aa  256  6e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 502 aa  256  7e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 513 aa  256  8e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 513 aa  256  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 513 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  33.46 
 
 		 488 aa  253  5.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1116  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.35 
 
 		 484 aa  253  6e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  33.73 
 
 		 485 aa  253  7e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  32.66 
 
 		 478 aa  250  4e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  33.59 
 
 		 498 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  33.59 
 
 		 498 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  31.96 
 
 		 487 aa  249  7e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 501 aa  249  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  32.6 
 
 		 481 aa  249  8e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 501 aa  249  8e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  33.72 
 
 		 501 aa  249  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  32.56 
 
 		 464 aa  248  1e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  33.92 
 
 		 501 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  34.58 
 
 		 493 aa  248  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.76 
 
 		 477 aa  248  2e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 501 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  32.35 
 
 		 464 aa  247  4e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.21 
 
 		 489 aa  246  4.9999999999999997e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  32.86 
 
 		 461 aa  246  4.9999999999999997e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.06 
 
 		 482 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 499 aa  246  8e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  33.2 
 
 		 481 aa  246  8e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  32.95 
 
 		 502 aa  246  9e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0756  RNA polymerase factor sigma-54  31.6 
 
 		 463 aa  244  3e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  32.93 
 
 		 488 aa  244  3e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>