279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene XfasM23_0670 on replicon NC_010577
Organism: Xylella fastidiosa M23



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010577  XfasM23_0670  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 		 446 aa  901    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.702402  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0756  RNA polymerase factor sigma-54  96.19 
 
 		 463 aa  847    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  64.73 
 
 		 465 aa  593  1e-168  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0954  RNA polymerase factor sigma-54  63.04 
 
 		 474 aa  540  9.999999999999999e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  40.21 
 
 		 497 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  39.38 
 
 		 497 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  40.24 
 
 		 507 aa  343  4e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  39.79 
 
 		 497 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  39.79 
 
 		 497 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  39.79 
 
 		 489 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  38.56 
 
 		 511 aa  339  5e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  39.14 
 
 		 478 aa  339  7e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  41.3 
 
 		 482 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  38.14 
 
 		 497 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  38.56 
 
 		 497 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  38.35 
 
 		 497 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  39.38 
 
 		 487 aa  337  2.9999999999999997e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  40.41 
 
 		 497 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.67 
 
 		 505 aa  334  2e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  39.14 
 
 		 477 aa  333  5e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  40.2 
 
 		 488 aa  332  6e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  38.92 
 
 		 477 aa  332  6e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  39.14 
 
 		 477 aa  332  6e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  38.9 
 
 		 491 aa  332  7.000000000000001e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  38.41 
 
 		 477 aa  332  9e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  39.57 
 
 		 477 aa  332  1e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  39.48 
 
 		 477 aa  330  4e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  39.48 
 
 		 477 aa  329  5.0000000000000004e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  39.48 
 
 		 477 aa  329  5.0000000000000004e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  41.8 
 
 		 513 aa  328  8e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  38.45 
 
 		 489 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  39.68 
 
 		 511 aa  328  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.27 
 
 		 477 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  38.57 
 
 		 489 aa  327  2.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  39.06 
 
 		 477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 		 477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  39.06 
 
 		 477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 		 477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 		 477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 		 477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 		 477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 		 477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  41.6 
 
 		 513 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  41.6 
 
 		 502 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  37.63 
 
 		 477 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  41.6 
 
 		 502 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  41.6 
 
 		 513 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  37.63 
 
 		 477 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  37.63 
 
 		 477 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  37.63 
 
 		 477 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.83 
 
 		 497 aa  324  2e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  41.6 
 
 		 502 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  41.6 
 
 		 513 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  41.6 
 
 		 502 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  37.63 
 
 		 477 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  39.96 
 
 		 464 aa  323  4e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  39.18 
 
 		 502 aa  323  4e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 		 487 aa  319  6e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  39.51 
 
 		 464 aa  319  6e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  41.55 
 
 		 505 aa  318  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  41.31 
 
 		 503 aa  316  6e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  40.25 
 
 		 501 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  40.45 
 
 		 501 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  40.25 
 
 		 501 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  40.53 
 
 		 505 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.89 
 
 		 491 aa  310  4e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  39.02 
 
 		 478 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  40.21 
 
 		 498 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  40.21 
 
 		 498 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.76 
 
 		 484 aa  306  3e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  40.25 
 
 		 501 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  40.25 
 
 		 501 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  36.97 
 
 		 508 aa  303  5.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  35.89 
 
 		 505 aa  302  8.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  36.85 
 
 		 493 aa  301  1e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  37.66 
 
 		 488 aa  300  5e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  37.97 
 
 		 488 aa  297  3e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  39.39 
 
 		 497 aa  296  4e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  40.08 
 
 		 493 aa  296  7e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  38.48 
 
 		 499 aa  295  8e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.58 
 
 		 497 aa  295  8e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  39.09 
 
 		 495 aa  295  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  35.52 
 
 		 497 aa  293  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  36.33 
 
 		 490 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  38.76 
 
 		 494 aa  291  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  40.17 
 
 		 484 aa  291  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  38.33 
 
 		 493 aa  290  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  37.55 
 
 		 503 aa  290  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.75 
 
 		 508 aa  289  7e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  39.57 
 
 		 489 aa  288  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  37.71 
 
 		 493 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  37.35 
 
 		 503 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  38.61 
 
 		 487 aa  286  4e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  38.41 
 
 		 492 aa  285  9e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  38.57 
 
 		 491 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.91 
 
 		 475 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  38.08 
 
 		 493 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  36.91 
 
 		 475 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  38.16 
 
 		 491 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  37.95 
 
 		 491 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>