279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_0756 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_0756  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 		 463 aa  936    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0670  RNA polymerase factor sigma-54  96.19 
 
 		 446 aa  865    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.702402  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  63.66 
 
 		 465 aa  591  1e-168  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0954  RNA polymerase factor sigma-54  62.66 
 
 		 474 aa  561  1e-158  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  40.28 
 
 		 497 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  40.7 
 
 		 507 aa  357  3.9999999999999996e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  39.88 
 
 		 487 aa  354  2e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 		 497 aa  350  5e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 		 497 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 		 497 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  39.11 
 
 		 491 aa  347  2e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  39.51 
 
 		 489 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  39.08 
 
 		 511 aa  346  6e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  38.68 
 
 		 497 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  38.8 
 
 		 497 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  39.04 
 
 		 478 aa  345  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 		 511 aa  345  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  38.48 
 
 		 497 aa  344  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  39.07 
 
 		 489 aa  343  5e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  39.67 
 
 		 477 aa  342  5.999999999999999e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  39.88 
 
 		 497 aa  342  7e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  40.53 
 
 		 482 aa  341  1e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.1 
 
 		 489 aa  341  1e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  39.04 
 
 		 477 aa  341  2e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.38 
 
 		 477 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  39.46 
 
 		 477 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.56 
 
 		 505 aa  340  2.9999999999999998e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  38.41 
 
 		 477 aa  340  2.9999999999999998e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  38.33 
 
 		 477 aa  338  9e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  38.96 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  38.96 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  38.96 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  38.96 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  38.96 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  38.96 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  38.96 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  38.96 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  39.17 
 
 		 477 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  39.17 
 
 		 477 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  39.17 
 
 		 477 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  40.26 
 
 		 464 aa  336  5e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  40.04 
 
 		 464 aa  335  1e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  38.97 
 
 		 502 aa  332  8e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  37.58 
 
 		 477 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.44 
 
 		 497 aa  331  2e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  37.37 
 
 		 477 aa  329  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  37.37 
 
 		 477 aa  329  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  37.37 
 
 		 477 aa  329  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  37.37 
 
 		 477 aa  329  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  40.87 
 
 		 513 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  37.27 
 
 		 487 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  41.19 
 
 		 505 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  39.39 
 
 		 488 aa  326  6e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  40.54 
 
 		 478 aa  325  1e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 513 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  40.95 
 
 		 503 aa  324  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 513 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  40.76 
 
 		 502 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  40.76 
 
 		 502 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  40.76 
 
 		 502 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 513 aa  323  5e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  40.76 
 
 		 502 aa  323  5e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.25 
 
 		 491 aa  321  9.999999999999999e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  40.4 
 
 		 505 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  37.17 
 
 		 493 aa  318  1e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  39.92 
 
 		 501 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  39.72 
 
 		 501 aa  318  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  39.72 
 
 		 501 aa  316  7e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.86 
 
 		 484 aa  315  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  35.76 
 
 		 505 aa  314  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  39.68 
 
 		 498 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  39.68 
 
 		 498 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  40.08 
 
 		 497 aa  312  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  39.04 
 
 		 501 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  37.06 
 
 		 508 aa  311  2e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  39.52 
 
 		 501 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  39.4 
 
 		 495 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.49 
 
 		 508 aa  308  1.0000000000000001e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  40.16 
 
 		 493 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  39.08 
 
 		 494 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  37.2 
 
 		 488 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  39.63 
 
 		 487 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  36.89 
 
 		 488 aa  301  1e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  38.46 
 
 		 493 aa  302  1e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.39 
 
 		 497 aa  302  1e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  38.34 
 
 		 493 aa  301  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  35.1 
 
 		 497 aa  299  5e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 		 499 aa  299  7e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  38.7 
 
 		 491 aa  299  7e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  38.7 
 
 		 491 aa  298  2e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  36.44 
 
 		 490 aa  297  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  38.49 
 
 		 491 aa  297  3e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  38.41 
 
 		 492 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  38.41 
 
 		 492 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 		 489 aa  296  5e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  38.41 
 
 		 492 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 		 491 aa  296  6e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  38.41 
 
 		 492 aa  296  6e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  38.49 
 
 		 491 aa  296  6e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  37.1 
 
 		 503 aa  295  9e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>