279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene lpl0518 on replicon NC_006369
Organism: Legionella pneumophila str. Lens



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  99.14 
 
 		 464 aa  947    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 		 464 aa  954    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  53.56 
 
 		 487 aa  509  1e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  51.11 
 
 		 497 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  51.31 
 
 		 497 aa  508  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  50.91 
 
 		 497 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  50.91 
 
 		 497 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  51.51 
 
 		 497 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  52.86 
 
 		 489 aa  503  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  52.52 
 
 		 497 aa  504  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  51.71 
 
 		 511 aa  501  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  52.12 
 
 		 491 aa  498  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  50 
 
 		 511 aa  501  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  50.3 
 
 		 507 aa  498  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  50.92 
 
 		 489 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  51.67 
 
 		 477 aa  493  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  49.49 
 
 		 497 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  49.59 
 
 		 493 aa  493  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  48.92 
 
 		 505 aa  490  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  50.2 
 
 		 489 aa  490  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  51.46 
 
 		 477 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  51.46 
 
 		 477 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  51.46 
 
 		 477 aa  487  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  51.05 
 
 		 477 aa  479  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  49.01 
 
 		 508 aa  479  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  50.42 
 
 		 477 aa  478  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  51.46 
 
 		 478 aa  478  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  51.26 
 
 		 477 aa  481  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  51.26 
 
 		 477 aa  475  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.39 
 
 		 497 aa  475  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  49.58 
 
 		 477 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  49.58 
 
 		 477 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  49.58 
 
 		 477 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  49.49 
 
 		 497 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  49.58 
 
 		 477 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  49.58 
 
 		 477 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  49.17 
 
 		 477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.96 
 
 		 477 aa  468  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  49.17 
 
 		 477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  49.17 
 
 		 477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  49.17 
 
 		 477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  50.83 
 
 		 482 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  49.17 
 
 		 477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  49.17 
 
 		 477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  49.17 
 
 		 477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  49.17 
 
 		 477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.39 
 
 		 491 aa  461  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  49.59 
 
 		 488 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.41 
 
 		 505 aa  453  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  49.9 
 
 		 493 aa  449  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  49.5 
 
 		 495 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  48.89 
 
 		 493 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  45.87 
 
 		 487 aa  437  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  49.2 
 
 		 494 aa  437  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  49.49 
 
 		 491 aa  435  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  49.09 
 
 		 487 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  49.09 
 
 		 491 aa  432  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  48.7 
 
 		 497 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.36 
 
 		 484 aa  432  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  48.19 
 
 		 492 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  48.19 
 
 		 492 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  48.19 
 
 		 492 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  48.89 
 
 		 491 aa  430  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  49.09 
 
 		 491 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  49.09 
 
 		 491 aa  430  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  47.98 
 
 		 492 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  47.48 
 
 		 493 aa  425  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.29 
 
 		 508 aa  415  9.999999999999999e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.62 
 
 		 497 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2226  sigma-54 RpoN  48.44 
 
 		 477 aa  404  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  44.11 
 
 		 502 aa  396  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  44.17 
 
 		 478 aa  392  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.67 
 
 		 475 aa  380  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  41.67 
 
 		 475 aa  380  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  40.64 
 
 		 489 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  41.3 
 
 		 484 aa  367  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  40.48 
 
 		 493 aa  365  1e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  40.43 
 
 		 505 aa  365  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  41.03 
 
 		 505 aa  365  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  40.65 
 
 		 488 aa  363  4e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 513 aa  362  9e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 502 aa  362  9e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 502 aa  362  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 513 aa  362  9e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 502 aa  362  9e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 513 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  40.2 
 
 		 503 aa  360  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 502 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  41.45 
 
 		 501 aa  359  5e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  40.71 
 
 		 513 aa  359  5e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  41.06 
 
 		 501 aa  359  5e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  41.7 
 
 		 498 aa  359  6e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  41.7 
 
 		 498 aa  359  6e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  41.27 
 
 		 501 aa  359  6e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  41.45 
 
 		 501 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  40.94 
 
 		 501 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  40.64 
 
 		 492 aa  357  2.9999999999999997e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1205  sigma-54 (RpoN)  40.52 
 
 		 500 aa  352  1e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  39.17 
 
 		 503 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  40.37 
 
 		 488 aa  347  3e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>