278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1532 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  100 
 
 		 490 aa  992    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.18 
 
 		 497 aa  535  1e-151  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.82 
 
 		 483 aa  525  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  54.69 
 
 		 483 aa  507  9.999999999999999e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.4 
 
 		 488 aa  504  1e-141  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  52.14 
 
 		 484 aa  494  9.999999999999999e-139  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.61 
 
 		 486 aa  489  1e-137  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.13 
 
 		 522 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  46.48 
 
 		 479 aa  383  1e-105  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.1 
 
 		 480 aa  382  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  41.25 
 
 		 485 aa  365  1e-100  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.51 
 
 		 482 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.54 
 
 		 489 aa  279  8e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  34.51 
 
 		 507 aa  276  4e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  35.43 
 
 		 511 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  35.03 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  35.03 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  35.03 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  33.89 
 
 		 465 aa  270  4e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.85 
 
 		 505 aa  270  5e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  34.33 
 
 		 482 aa  268  1e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  34.83 
 
 		 487 aa  268  2e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  35.63 
 
 		 477 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  35.63 
 
 		 477 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  37.04 
 
 		 480 aa  266  5e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  35.63 
 
 		 477 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  35.63 
 
 		 477 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.96 
 
 		 482 aa  265  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  34.48 
 
 		 477 aa  264  2e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  34.48 
 
 		 477 aa  264  2e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  35.81 
 
 		 477 aa  265  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  34.48 
 
 		 477 aa  264  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  34.48 
 
 		 477 aa  264  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  34.48 
 
 		 477 aa  264  2e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  34.48 
 
 		 477 aa  264  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  34.48 
 
 		 477 aa  264  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  34.48 
 
 		 477 aa  264  2e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  35.43 
 
 		 477 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  32.73 
 
 		 497 aa  263  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 497 aa  263  6e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.28 
 
 		 477 aa  262  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  34.54 
 
 		 505 aa  262  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  34.63 
 
 		 493 aa  262  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  32.94 
 
 		 497 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  35.21 
 
 		 477 aa  261  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  35.63 
 
 		 477 aa  260  4e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  33.66 
 
 		 493 aa  259  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  34.05 
 
 		 489 aa  259  9e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.39 
 
 		 484 aa  259  1e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  31.98 
 
 		 508 aa  258  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  31.72 
 
 		 511 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  33.92 
 
 		 492 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  31.92 
 
 		 497 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  34.94 
 
 		 493 aa  257  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  34.82 
 
 		 478 aa  257  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  32.55 
 
 		 497 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  32.55 
 
 		 497 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  32.55 
 
 		 497 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  32.46 
 
 		 489 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.94 
 
 		 475 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  35.94 
 
 		 475 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  33.66 
 
 		 488 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  32.67 
 
 		 478 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  33.54 
 
 		 477 aa  254  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  33.93 
 
 		 491 aa  253  7e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  33.73 
 
 		 491 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  33 
 
 		 489 aa  252  9.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.6 
 
 		 482 aa  251  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  34.05 
 
 		 497 aa  252  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  33.93 
 
 		 491 aa  252  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  33.98 
 
 		 495 aa  251  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  33.73 
 
 		 491 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  34.58 
 
 		 492 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  34.58 
 
 		 492 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 491 aa  250  4e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  34.38 
 
 		 492 aa  250  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  34.58 
 
 		 492 aa  250  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  34.08 
 
 		 477 aa  250  5e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  33.13 
 
 		 488 aa  249  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  33.93 
 
 		 491 aa  249  7e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.92 
 
 		 497 aa  248  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  35.04 
 
 		 461 aa  248  2e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34 
 
 		 480 aa  248  3e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  34.77 
 
 		 493 aa  247  3e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  34.43 
 
 		 494 aa  247  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  33.6 
 
 		 487 aa  247  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  32.76 
 
 		 503 aa  247  4e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.79 
 
 		 501 aa  247  4e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1116  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.34 
 
 		 484 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 499 aa  246  9e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  32.43 
 
 		 497 aa  246  9e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.93 
 
 		 474 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  35.1 
 
 		 478 aa  245  9.999999999999999e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.27 
 
 		 501 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.8 
 
 		 508 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.21 
 
 		 521 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.46 
 
 		 491 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  32.2 
 
 		 503 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.47 
 
 		 484 aa  245  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.27 
 
 		 501 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>