279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_1176 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 489 aa  987    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  62.15 
 
 		 482 aa  565  1e-160  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.82 
 
 		 482 aa  532  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1116  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.73 
 
 		 484 aa  514  1e-144  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.61 
 
 		 484 aa  504  1e-141  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  54.19 
 
 		 480 aa  501  1e-140  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  54.19 
 
 		 478 aa  491  1e-137  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.72 
 
 		 497 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  39.17 
 
 		 490 aa  298  1e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.39 
 
 		 522 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.04 
 
 		 488 aa  274  2.0000000000000002e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  36.85 
 
 		 483 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.14 
 
 		 486 aa  266  5e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.4 
 
 		 483 aa  264  3e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  35.97 
 
 		 485 aa  259  5.0000000000000005e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  34.47 
 
 		 484 aa  257  3e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.85 
 
 		 480 aa  256  5e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  34.99 
 
 		 479 aa  239  5.999999999999999e-62  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  33 
 
 		 493 aa  236  5.0000000000000005e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.05 
 
 		 472 aa  234  3e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  36.92 
 
 		 435 aa  230  5e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  37.57 
 
 		 435 aa  229  6e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  31.24 
 
 		 507 aa  229  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  36.63 
 
 		 454 aa  227  3e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5256  RNA polymerase factor sigma-54  36.99 
 
 		 435 aa  228  3e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.584318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  31.6 
 
 		 505 aa  225  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.84 
 
 		 497 aa  225  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  35.4 
 
 		 435 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4992  RNA polymerase factor sigma-54  35.4 
 
 		 435 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  30.28 
 
 		 497 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5372  RNA polymerase factor sigma-54  35.4 
 
 		 435 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.46 
 
 		 470 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  29.76 
 
 		 497 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5245  RNA polymerase factor sigma-54  32.41 
 
 		 435 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  29.76 
 
 		 497 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  30.16 
 
 		 497 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4831  RNA polymerase factor sigma-54  31.89 
 
 		 435 aa  219  7e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.623115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5227  RNA polymerase factor sigma-54  31.89 
 
 		 435 aa  219  7e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  30.15 
 
 		 489 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  29.48 
 
 		 511 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  29.77 
 
 		 497 aa  219  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4821  RNA polymerase factor sigma-54  32.41 
 
 		 435 aa  218  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  29.48 
 
 		 497 aa  217  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  31.34 
 
 		 477 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  31.34 
 
 		 477 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  31.34 
 
 		 477 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  31.34 
 
 		 477 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  29.69 
 
 		 487 aa  216  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  31.34 
 
 		 477 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  28.88 
 
 		 497 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  31.15 
 
 		 485 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  37.82 
 
 		 493 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  30.44 
 
 		 497 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  30.78 
 
 		 511 aa  214  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.77 
 
 		 491 aa  213  5.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.31 
 
 		 510 aa  213  5.999999999999999e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  37.9 
 
 		 494 aa  211  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.38 
 
 		 467 aa  211  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  30.84 
 
 		 477 aa  211  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.41 
 
 		 479 aa  211  3e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  30.31 
 
 		 489 aa  211  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  30.23 
 
 		 491 aa  211  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.07 
 
 		 453 aa  211  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  30.14 
 
 		 477 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  30.14 
 
 		 477 aa  210  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  30.14 
 
 		 477 aa  210  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  30.14 
 
 		 477 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  30.14 
 
 		 477 aa  210  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  30.14 
 
 		 477 aa  210  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  30.14 
 
 		 477 aa  210  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  32.46 
 
 		 481 aa  210  4e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  30.14 
 
 		 477 aa  210  4e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.94 
 
 		 477 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  31.15 
 
 		 488 aa  208  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  30.32 
 
 		 461 aa  207  3e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  34.94 
 
 		 492 aa  207  5e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  34.94 
 
 		 492 aa  207  5e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  34.94 
 
 		 492 aa  207  5e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  34.94 
 
 		 492 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.36 
 
 		 505 aa  206  6e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  31.31 
 
 		 481 aa  206  8e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  35.03 
 
 		 487 aa  206  8e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  32.41 
 
 		 477 aa  206  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.61 
 
 		 474 aa  205  1e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  30.18 
 
 		 477 aa  205  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  29.84 
 
 		 477 aa  205  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  36.14 
 
 		 493 aa  205  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  32.41 
 
 		 477 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  29.59 
 
 		 478 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  36.31 
 
 		 495 aa  204  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  32.41 
 
 		 477 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  29.96 
 
 		 464 aa  204  3e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  29.61 
 
 		 487 aa  204  4e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  31.97 
 
 		 461 aa  204  4e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  30.66 
 
 		 488 aa  203  5e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0695  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  29.77 
 
 		 495 aa  203  5e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  29.76 
 
 		 464 aa  202  8e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.46 
 
 		 515 aa  202  8e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.27 
 
 		 515 aa  202  8e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  29.48 
 
 		 501 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>