279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_0584 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  68.23 
 
 		 488 aa  682    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 486 aa  992    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  67.97 
 
 		 484 aa  682    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  53.52 
 
 		 490 aa  497  1e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.62 
 
 		 497 aa  478  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  50.82 
 
 		 483 aa  461  9.999999999999999e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.57 
 
 		 483 aa  439  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  43.06 
 
 		 485 aa  392  1e-107  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.74 
 
 		 480 aa  379  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  40.16 
 
 		 479 aa  348  2e-94  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.45 
 
 		 522 aa  348  2e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  36.99 
 
 		 480 aa  260  3e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.29 
 
 		 482 aa  260  5.0000000000000005e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  33.73 
 
 		 493 aa  255  2.0000000000000002e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.14 
 
 		 489 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.42 
 
 		 484 aa  251  2e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.15 
 
 		 482 aa  250  4e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.85 
 
 		 477 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5245  RNA polymerase factor sigma-54  34.14 
 
 		 435 aa  243  5e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  34.41 
 
 		 435 aa  243  7e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  31.52 
 
 		 497 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4821  RNA polymerase factor sigma-54  34.41 
 
 		 435 aa  242  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4831  RNA polymerase factor sigma-54  34.14 
 
 		 435 aa  242  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.623115  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  32.46 
 
 		 482 aa  242  1e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5227  RNA polymerase factor sigma-54  34.14 
 
 		 435 aa  242  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  33.87 
 
 		 435 aa  241  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5256  RNA polymerase factor sigma-54  34.14 
 
 		 435 aa  242  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.584318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  31.53 
 
 		 505 aa  240  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.67 
 
 		 480 aa  240  4e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  34.41 
 
 		 454 aa  240  5e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  29.57 
 
 		 513 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4992  RNA polymerase factor sigma-54  33.6 
 
 		 435 aa  239  1e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  29.57 
 
 		 502 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  29.57 
 
 		 502 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  29.57 
 
 		 502 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5372  RNA polymerase factor sigma-54  33.6 
 
 		 435 aa  239  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  29.57 
 
 		 513 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  29.64 
 
 		 513 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  29.57 
 
 		 513 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  30.87 
 
 		 497 aa  238  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  31.87 
 
 		 488 aa  238  2e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  31.11 
 
 		 507 aa  238  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  29.57 
 
 		 502 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  32.38 
 
 		 511 aa  238  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.81 
 
 		 453 aa  237  3e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  31.54 
 
 		 508 aa  237  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  31.45 
 
 		 497 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  31.45 
 
 		 497 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  33.06 
 
 		 477 aa  237  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  30.86 
 
 		 497 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1205  sigma-54 (RpoN)  34.07 
 
 		 500 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  33.6 
 
 		 435 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  31.03 
 
 		 465 aa  236  6e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.58 
 
 		 497 aa  236  9e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  31.73 
 
 		 478 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  30.92 
 
 		 497 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  29.81 
 
 		 501 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1513  RNA polymerase factor sigma-54  34.27 
 
 		 461 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1116  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.4 
 
 		 484 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  29.35 
 
 		 505 aa  234  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  32.86 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.33 
 
 		 475 aa  234  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  32.36 
 
 		 493 aa  234  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  31.31 
 
 		 478 aa  234  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.55 
 
 		 472 aa  234  3e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  32.33 
 
 		 475 aa  234  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  32.86 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  32.86 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  31.27 
 
 		 497 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  32.86 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  30.92 
 
 		 511 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  31.25 
 
 		 489 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  31.07 
 
 		 530 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  29.89 
 
 		 501 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  29.79 
 
 		 498 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1303  RNA polymerase factor sigma-54  33.94 
 
 		 461 aa  232  1e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.357078  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  29.79 
 
 		 498 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.42 
 
 		 476 aa  232  1e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  32.05 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  32.05 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  32.05 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  30.8 
 
 		 499 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  32.05 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.05 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  34.35 
 
 		 478 aa  231  2e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  32.05 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  32.05 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  32.05 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.34 
 
 		 505 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0466  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.6 
 
 		 530 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.292828  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 		 491 aa  231  3e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  32.04 
 
 		 477 aa  231  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  32.04 
 
 		 477 aa  231  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  32.04 
 
 		 477 aa  230  4e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.81 
 
 		 521 aa  230  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  29.62 
 
 		 501 aa  230  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  31.71 
 
 		 477 aa  230  5e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  31.44 
 
 		 477 aa  229  8e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  31.37 
 
 		 497 aa  229  9e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0695  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  30.26 
 
 		 495 aa  229  9e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>