279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1440 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 482 aa  980    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  61.66 
 
 		 489 aa  578  1e-164  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1116  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.96 
 
 		 484 aa  508  1e-143  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.2 
 
 		 482 aa  507  9.999999999999999e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  51.87 
 
 		 480 aa  482  1e-135  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.2 
 
 		 484 aa  477  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  49.38 
 
 		 478 aa  449  1e-125  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  36.67 
 
 		 490 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.06 
 
 		 522 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.75 
 
 		 497 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.29 
 
 		 486 aa  276  8e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  36.11 
 
 		 485 aa  269  7e-71  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  36.55 
 
 		 483 aa  266  7e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  33.4 
 
 		 479 aa  256  7e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33 
 
 		 483 aa  255  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.9 
 
 		 480 aa  253  5.000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.7 
 
 		 488 aa  251  2e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  34.48 
 
 		 484 aa  248  1e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  30.95 
 
 		 507 aa  233  4.0000000000000004e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.47 
 
 		 472 aa  233  7.000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.79 
 
 		 510 aa  225  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  30.08 
 
 		 505 aa  223  6e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  31.86 
 
 		 497 aa  223  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.86 
 
 		 480 aa  217  4e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.22 
 
 		 497 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  30.4 
 
 		 497 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  31.74 
 
 		 488 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  31.47 
 
 		 485 aa  213  7e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  29.53 
 
 		 493 aa  213  7e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  30.55 
 
 		 481 aa  212  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  32.06 
 
 		 497 aa  212  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.29 
 
 		 474 aa  211  2e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.54 
 
 		 505 aa  211  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  31.42 
 
 		 511 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  30.54 
 
 		 497 aa  211  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5256  RNA polymerase factor sigma-54  35.86 
 
 		 435 aa  210  4e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.584318  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  32.86 
 
 		 488 aa  209  7e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  30.08 
 
 		 501 aa  209  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  34.21 
 
 		 475 aa  209  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  30.58 
 
 		 461 aa  208  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.21 
 
 		 475 aa  209  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  30.4 
 
 		 497 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.46 
 
 		 501 aa  208  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  30.6 
 
 		 497 aa  208  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  30.4 
 
 		 511 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.46 
 
 		 501 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  30.4 
 
 		 497 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  35.94 
 
 		 454 aa  207  3e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  32.35 
 
 		 495 aa  207  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  30.27 
 
 		 487 aa  206  6e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5245  RNA polymerase factor sigma-54  34.69 
 
 		 435 aa  206  7e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3882  RNA polymerase factor sigma-54  31.23 
 
 		 500 aa  206  7e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3770  RNA polymerase factor sigma-54  31.23 
 
 		 500 aa  206  7e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0528545  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4992  RNA polymerase factor sigma-54  34.69 
 
 		 435 aa  206  8e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5372  RNA polymerase factor sigma-54  34.69 
 
 		 435 aa  206  8e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.06 
 
 		 477 aa  206  8e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.18 
 
 		 494 aa  205  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.08 
 
 		 475 aa  205  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.06 
 
 		 453 aa  205  1e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  31.19 
 
 		 481 aa  205  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  30.59 
 
 		 492 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  31.13 
 
 		 489 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  34.69 
 
 		 435 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  29.64 
 
 		 465 aa  204  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  29.54 
 
 		 497 aa  205  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  35.76 
 
 		 435 aa  204  3e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5227  RNA polymerase factor sigma-54  34.4 
 
 		 435 aa  204  4e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4831  RNA polymerase factor sigma-54  34.4 
 
 		 435 aa  204  4e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.623115  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  30.5 
 
 		 477 aa  204  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  34.69 
 
 		 435 aa  204  4e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.18 
 
 		 491 aa  203  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  31.21 
 
 		 487 aa  203  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4821  RNA polymerase factor sigma-54  34.4 
 
 		 435 aa  203  6e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  30.6 
 
 		 507 aa  202  8e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  29.92 
 
 		 477 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  31 
 
 		 493 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  31.09 
 
 		 500 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1205  sigma-54 (RpoN)  29.98 
 
 		 500 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  29.71 
 
 		 477 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  30.62 
 
 		 497 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  29.71 
 
 		 477 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  29.71 
 
 		 477 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  29.71 
 
 		 477 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  29.9 
 
 		 508 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.21 
 
 		 477 aa  201  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  30.6 
 
 		 477 aa  201  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  27.9 
 
 		 513 aa  201  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  30.3 
 
 		 493 aa  201  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  29.71 
 
 		 477 aa  201  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  27.9 
 
 		 502 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  27.9 
 
 		 502 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  27.9 
 
 		 513 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  30.61 
 
 		 483 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  30.82 
 
 		 493 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  27.9 
 
 		 502 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  28.8 
 
 		 491 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  27.9 
 
 		 513 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  27.9 
 
 		 502 aa  200  5e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  30.23 
 
 		 492 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  30.23 
 
 		 492 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>