278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1116 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1116  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 484 aa  984    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  65.91 
 
 		 482 aa  638    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  62.06 
 
 		 484 aa  589  1e-167  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  59.5 
 
 		 480 aa  560  1e-158  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  59.38 
 
 		 478 aa  553  1e-156  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.71 
 
 		 489 aa  506  9.999999999999999e-143  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.96 
 
 		 482 aa  492  9.999999999999999e-139  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.49 
 
 		 497 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  37.53 
 
 		 483 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.47 
 
 		 522 aa  262  1e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  34.6 
 
 		 485 aa  260  4e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  35.34 
 
 		 490 aa  259  8e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.55 
 
 		 483 aa  255  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  34.27 
 
 		 479 aa  250  3e-65  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  33.27 
 
 		 505 aa  244  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.13 
 
 		 486 aa  242  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32 
 
 		 497 aa  236  7e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.12 
 
 		 480 aa  233  5e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  32.72 
 
 		 487 aa  231  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  33.33 
 
 		 484 aa  231  2e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  32.48 
 
 		 497 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  30.46 
 
 		 493 aa  230  4e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  32.38 
 
 		 511 aa  229  9e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  30.39 
 
 		 507 aa  228  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33 
 
 		 488 aa  228  3e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  33.06 
 
 		 477 aa  224  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  33.06 
 
 		 477 aa  224  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  33.06 
 
 		 477 aa  224  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  31.62 
 
 		 511 aa  220  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  31.43 
 
 		 477 aa  220  6e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.43 
 
 		 477 aa  219  6e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  31.43 
 
 		 477 aa  220  6e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  31.43 
 
 		 477 aa  220  6e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  31.43 
 
 		 477 aa  220  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  31.43 
 
 		 477 aa  220  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.69 
 
 		 494 aa  219  6e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  31.43 
 
 		 477 aa  220  6e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  31.43 
 
 		 477 aa  220  6e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  31.43 
 
 		 477 aa  220  6e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  31.42 
 
 		 497 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  31.64 
 
 		 477 aa  219  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 497 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  31.03 
 
 		 497 aa  218  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  38.67 
 
 		 493 aa  218  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  31.09 
 
 		 497 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  31.98 
 
 		 477 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  31.98 
 
 		 477 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  31.98 
 
 		 477 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  31.98 
 
 		 477 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  31.98 
 
 		 477 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  32.45 
 
 		 477 aa  216  8e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.21 
 
 		 479 aa  216  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  30.89 
 
 		 497 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31 
 
 		 491 aa  215  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  33.27 
 
 		 481 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  31.16 
 
 		 497 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 492 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  31.43 
 
 		 477 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 492 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 492 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  31.16 
 
 		 497 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  30.59 
 
 		 435 aa  215  1.9999999999999998e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  30.88 
 
 		 489 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  31.39 
 
 		 489 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 492 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  31.43 
 
 		 478 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  32.24 
 
 		 477 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  31.31 
 
 		 487 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  37.46 
 
 		 494 aa  213  7e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.35 
 
 		 472 aa  213  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  31.27 
 
 		 491 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.51 
 
 		 480 aa  212  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  37.16 
 
 		 491 aa  212  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  32.53 
 
 		 488 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  32.19 
 
 		 485 aa  211  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  37.16 
 
 		 491 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  37.16 
 
 		 491 aa  211  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  32.91 
 
 		 491 aa  210  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  36.86 
 
 		 491 aa  209  6e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.24 
 
 		 505 aa  209  6e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.47 
 
 		 501 aa  209  8e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  34.59 
 
 		 454 aa  209  9e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  31.83 
 
 		 477 aa  208  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  33.07 
 
 		 481 aa  207  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  31.55 
 
 		 501 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.14 
 
 		 501 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  30.18 
 
 		 489 aa  205  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  31.22 
 
 		 482 aa  204  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  32.85 
 
 		 495 aa  205  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.79 
 
 		 488 aa  205  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4992  RNA polymerase factor sigma-54  33.51 
 
 		 435 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  33.78 
 
 		 435 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  33 
 
 		 474 aa  204  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5372  RNA polymerase factor sigma-54  33.51 
 
 		 435 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  32.74 
 
 		 503 aa  204  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  32.57 
 
 		 493 aa  202  8e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.45 
 
 		 474 aa  202  8e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.34 
 
 		 476 aa  202  9e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  31.56 
 
 		 488 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  32.22 
 
 		 505 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>