279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2654 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 
522 aa  1052    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  46.97 
 
 
490 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  46.97 
 
 
483 aa  444  1e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.97 
 
 
483 aa  435  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.25 
 
 
488 aa  409  1e-113  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.09 
 
 
497 aa  411  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  44.94 
 
 
485 aa  408  1.0000000000000001e-112  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  42.72 
 
 
484 aa  407  1.0000000000000001e-112  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.86 
 
 
486 aa  391  1e-107  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.2 
 
 
480 aa  380  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  43.99 
 
 
479 aa  369  1e-101  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.19 
 
 
482 aa  319  9e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  38.25 
 
 
482 aa  318  2e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  35.69 
 
 
497 aa  316  6e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  37.33 
 
 
493 aa  315  9.999999999999999e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  36.24 
 
 
497 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  36.72 
 
 
478 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.61 
 
 
501 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  35.92 
 
 
489 aa  307  3e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  38.13 
 
 
481 aa  306  6e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  37.11 
 
 
477 aa  305  9.000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  37.11 
 
 
477 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  36.33 
 
 
507 aa  305  1.0000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.59 
 
 
477 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  35.93 
 
 
505 aa  305  2.0000000000000002e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  37.6 
 
 
478 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  36.12 
 
 
491 aa  305  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  38.45 
 
 
485 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.87 
 
 
470 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  36.77 
 
 
489 aa  305  2.0000000000000002e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.91 
 
 
484 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  36.79 
 
 
477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  36.79 
 
 
477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  36.79 
 
 
477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  34.88 
 
 
497 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  34.52 
 
 
497 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  36.79 
 
 
477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  36.79 
 
 
477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  36.79 
 
 
477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  36.79 
 
 
477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  36.79 
 
 
477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  37.18 
 
 
488 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  36.43 
 
 
497 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.83 
 
 
472 aa  302  9e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  38.11 
 
 
488 aa  302  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  36.33 
 
 
477 aa  302  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  34.88 
 
 
497 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  34.88 
 
 
497 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  34.71 
 
 
489 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.98 
 
 
484 aa  301  3e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  34.32 
 
 
497 aa  300  5e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  39.53 
 
 
480 aa  299  7e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 
477 aa  299  9e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.89 
 
 
501 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  35.03 
 
 
487 aa  298  1e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.89 
 
 
501 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 
511 aa  298  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.66 
 
 
491 aa  298  2e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  37.7 
 
 
501 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  36.35 
 
 
477 aa  296  8e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  35.55 
 
 
477 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  35.55 
 
 
477 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  35.55 
 
 
477 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  35.55 
 
 
477 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  36.15 
 
 
477 aa  295  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  36.15 
 
 
477 aa  295  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  37.57 
 
 
481 aa  293  4e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  35.35 
 
 
477 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  37.04 
 
 
493 aa  293  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.8 
 
 
505 aa  293  5e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 
511 aa  293  5e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  35.86 
 
 
508 aa  293  6e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.27 
 
 
497 aa  292  8e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.43 
 
 
489 aa  292  9e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  35.6 
 
 
490 aa  292  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  36.75 
 
 
487 aa  292  1e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  36.63 
 
 
477 aa  291  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  35.43 
 
 
499 aa  291  3e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  36.8 
 
 
492 aa  289  8e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  37.28 
 
 
478 aa  289  9e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  34.43 
 
 
497 aa  289  9e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  35.21 
 
 
464 aa  288  1e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  35.2 
 
 
465 aa  288  2e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.8 
 
 
480 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.72 
 
 
475 aa  286  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  37.72 
 
 
475 aa  286  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  35.01 
 
 
464 aa  286  5.999999999999999e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.67 
 
 
475 aa  286  7e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.45 
 
 
477 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.1 
 
 
453 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0695  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  36.78 
 
 
495 aa  285  2.0000000000000002e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.05 
 
 
494 aa  285  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.5 
 
 
482 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5435  RNA polymerase factor sigma-54  34.24 
 
 
493 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.403044 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.84 
 
 
474 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 
492 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 
492 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 
492 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.06 
 
 
515 aa  284  4.0000000000000003e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  35.24 
 
 
513 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>