279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4225 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 536 aa  1090    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  69.78 
 
 		 507 aa  700    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4485  sigma-54 (RpoN)  54.28 
 
 		 515 aa  532  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  54.16 
 
 		 530 aa  530  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.29 
 
 		 525 aa  525  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0337  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.65 
 
 		 525 aa  526  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.44 
 
 		 521 aa  522  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0419  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.48 
 
 		 529 aa  522  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.361593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0466  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.55 
 
 		 530 aa  520  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.292828  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0578  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.34 
 
 		 526 aa  501  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0674  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.03 
 
 		 538 aa  500  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.354478  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  52.18 
 
 		 499 aa  485  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  52.41 
 
 		 493 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  52.89 
 
 		 503 aa  481  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  52.71 
 
 		 503 aa  481  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  50.74 
 
 		 502 aa  475  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  50.74 
 
 		 502 aa  475  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  50.74 
 
 		 513 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  50.74 
 
 		 513 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  50.65 
 
 		 498 aa  477  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  50.83 
 
 		 501 aa  478  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  50.65 
 
 		 498 aa  477  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  50.74 
 
 		 502 aa  475  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  50.55 
 
 		 513 aa  474  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  50.55 
 
 		 501 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  50.74 
 
 		 502 aa  475  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  50.74 
 
 		 501 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  50.64 
 
 		 513 aa  472  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  50.46 
 
 		 501 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  50.09 
 
 		 503 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  50.46 
 
 		 505 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  49.35 
 
 		 501 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  50.55 
 
 		 505 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  50.74 
 
 		 492 aa  468  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  48.79 
 
 		 478 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  44.53 
 
 		 488 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  44.24 
 
 		 489 aa  413  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  45.91 
 
 		 484 aa  404  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  44.65 
 
 		 488 aa  395  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  44.42 
 
 		 497 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  43.73 
 
 		 500 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  42.41 
 
 		 497 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  42.41 
 
 		 497 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  41.85 
 
 		 497 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  40.37 
 
 		 493 aa  382  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  41.85 
 
 		 511 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  42.19 
 
 		 497 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  42.75 
 
 		 497 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  41.86 
 
 		 511 aa  382  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  42.01 
 
 		 497 aa  378  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  39.74 
 
 		 505 aa  374  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  42.29 
 
 		 489 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  43.87 
 
 		 497 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  41.99 
 
 		 497 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  42.01 
 
 		 477 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.6 
 
 		 505 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  41.26 
 
 		 478 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  41.25 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.44 
 
 		 477 aa  369  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5435  RNA polymerase factor sigma-54  41.96 
 
 		 493 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.403044 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3882  RNA polymerase factor sigma-54  41.73 
 
 		 500 aa  368  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  40.19 
 
 		 482 aa  368  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  41.25 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  41.25 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  41.25 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  41.25 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  41.25 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3770  RNA polymerase factor sigma-54  41.73 
 
 		 500 aa  368  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0528545  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  41.25 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  41.25 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.9 
 
 		 475 aa  365  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  41.9 
 
 		 475 aa  365  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  41.26 
 
 		 477 aa  361  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  41.26 
 
 		 477 aa  361  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  41.26 
 
 		 477 aa  361  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  41.26 
 
 		 477 aa  361  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  41.26 
 
 		 477 aa  360  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.56 
 
 		 497 aa  360  4e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  40.48 
 
 		 490 aa  360  5e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  40.89 
 
 		 477 aa  359  6e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  39.78 
 
 		 477 aa  359  8e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  39.13 
 
 		 507 aa  358  1.9999999999999998e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  40.41 
 
 		 489 aa  357  1.9999999999999998e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  41.92 
 
 		 488 aa  358  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  40.63 
 
 		 487 aa  356  5e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  40.82 
 
 		 491 aa  356  5e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  40.89 
 
 		 477 aa  356  5.999999999999999e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.15 
 
 		 491 aa  355  8.999999999999999e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.56 
 
 		 497 aa  355  1e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  40.33 
 
 		 477 aa  355  1e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  40.99 
 
 		 508 aa  355  2e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  40.74 
 
 		 489 aa  355  2e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  42.08 
 
 		 502 aa  352  7e-96  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  38.56 
 
 		 487 aa  352  8e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  40.19 
 
 		 477 aa  342  8e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  39.56 
 
 		 477 aa  342  9e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  39.56 
 
 		 477 aa  342  9e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  40.82 
 
 		 495 aa  340  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  37.96 
 
 		 464 aa  336  7.999999999999999e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  37.78 
 
 		 464 aa  335  1e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>