4339 genes were found for organism Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 44    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Phep_0001  CDS  NC_013061  7  1260  +  1254  PDZ/DHR/GLGF domain protein  YP_003090289  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0002  CDS  NC_013061  1284  2153  +  870  hypothetical protein  YP_003090290  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0003  CDS  NC_013061  2155  3102  +  948  hypothetical protein  YP_003090291  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0004  CDS  NC_013061  3200  3391  +  192  Cold-shock protein DNA-binding  YP_003090292  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0005  CDS  NC_013061  3460  4308  -  849  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  YP_003090293  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0006  CDS  NC_013061  4414  7722  +  3309  hypothetical protein  YP_003090294  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0007  CDS  NC_013061  7733  8161  +  429  protein of unknown function UPF0054  YP_003090295  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0008  CDS  NC_013061  8282  10144  +  1863  ABC transporter related  YP_003090296  normal  0.925372  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0009  CDS  NC_013061  10253  12115  +  1863  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  YP_003090297  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0010  CDS  NC_013061  12259  13887  +  1629  hypothetical protein  YP_003090298  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0011  CDS  NC_013061  13888  14397  -  510  acetyltransferase/carbonic anhydrase  YP_003090299  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0012  CDS  NC_013061  14401  15987  -  1587  L-aspartate oxidase  YP_003090300  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0013  CDS  NC_013061  16501  17499  +  999  quinolinate synthetase complex, A subunit  YP_003090301  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0014  CDS  NC_013061  17584  18624  +  1041  thiamine-monophosphate kinase  YP_003090302  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0015  CDS  NC_013061  18619  19965  -  1347  protein of unknown function DUF195  YP_003090303  normal  0.567486  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0016  CDS  NC_013061  20158  20850  +  693  peptidase membrane zinc metallopeptidase putative  YP_003090304  normal  0.998824  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0017  CDS  NC_013061  20855  21241  -  387  ApaG  YP_003090305  normal  0.755409  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0018  CDS  NC_013061  21275  22282  -  1008  TIM-barrel protein, nifR3 family  YP_003090306  normal  0.380372  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0019  CDS  NC_013061  22346  23254  +  909  Abortive infection protein  YP_003090307  normal  0.718936  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0020  CDS  NC_013061  23251  24060  +  810  phosphatidate cytidylyltransferase  YP_003090308  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0021  CDS  NC_013061  24198  24413  -  216  hypothetical protein  YP_003090309  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0022  CDS  NC_013061  24424  27765  -  3342  transcription-repair coupling factor  YP_003090310  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0023  CDS  NC_013061  27910  28215  +  306  hypothetical protein  YP_003090311  normal  0.7525  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0024  CDS  NC_013061  28234  28593  +  360  TM2 domain containing protein  YP_003090312  normal  0.506718  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0025  CDS  NC_013061  28618  29715  +  1098  protein of unknown function DUF34  YP_003090313  normal  0.459063  normal  0.55748  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0026  CDS  NC_013061  29715  30458  +  744  protein of unknown function DUF164  YP_003090314  normal  0.171339  normal  0.508276  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0027  CDS  NC_013061  30536  32029  +  1494  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  YP_003090315  normal  1  normal  0.447048  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0028  CDS  NC_013061  32026  33108  -  1083  Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I  YP_003090316  normal  0.895405  normal  0.419548  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0029  CDS  NC_013061  33164  33853  -  690  protein of unknown function DUF162  YP_003090317  normal  0.738112  normal  0.18947  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0030  CDS  NC_013061  33864  35954  -  2091  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_003090318  normal  0.876867  normal  0.384468  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0031  CDS  NC_013061  35981  36355  -  375  iojap-like protein  YP_003090319  normal  0.983708  normal  0.170479  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0032  CDS  NC_013061  36397  37173  +  777  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  YP_003090320  normal  0.19089  normal  0.200679  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0033  CDS  NC_013061  37232  38215  +  984  6-phosphofructokinase  YP_003090321  normal  0.421619  normal  0.208975  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0034  CDS  NC_013061  38246  38569  -  324  protein of unknown function DUF74  YP_003090322  normal  0.347076  normal  0.179218  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0035  CDS  NC_013061  38755  39369  +  615  ribosomal protein S16  YP_003090323  normal  0.173963  normal  0.182146  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0036  CDS  NC_013061  39442  39969  +  528  16S rRNA processing protein RimM  YP_003090324  normal  0.181086  normal  0.177131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0037  CDS  NC_013061  39985  40662  +  678  tRNA (guanine-N1)-methyltransferase  YP_003090325  normal  0.152256  normal  0.125888  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0038  CDS  NC_013061  40897  41199  +  303  hypothetical protein  YP_003090326  normal  0.105186  normal  0.0763102  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0039  CDS  NC_013061  41220  41492  +  273  hypothetical protein  YP_003090327  normal  0.090851  normal  0.0769858  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0040  CDS  NC_013061  41639  41986  +  348  ribosomal protein L19  YP_003090328  normal  0.266371  normal  0.0801636  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0041  CDS  NC_013061  42079  43305  +  1227  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  YP_003090329  normal  0.452474  normal  0.10461  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0042  CDS  NC_013061  43308  44435  +  1128  MscS Mechanosensitive ion channel  YP_003090330  normal  0.634821  normal  0.103785  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0043  CDS  NC_013061  44489  45148  -  660  phosphatidylserine decarboxylase  YP_003090331  normal  1  normal  0.14422  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0044  CDS  NC_013061  45191  45730  -  540  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  YP_003090332  normal  1  normal  0.137994  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0045  CDS  NC_013061  45744  47903  -  2160  glycosyl transferase family 51  YP_003090333  normal  1  normal  0.223797  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0046  CDS  NC_013061  48020  49126  +  1107  protein of unknown function DUF59  YP_003090334  normal  1  normal  0.261408  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0047  CDS  NC_013061  49168  49413  +  246  nitrogen-fixing NifU domain protein  YP_003090335  normal  1  normal  0.424143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0048  CDS  NC_013061  49469  50110  +  642  hypothetical protein  YP_003090336  normal  1  normal  0.463125  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0049  CDS  NC_013061  50107  50667  -  561  peptide deformylase  YP_003090337  normal  1  normal  0.451864  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0050  CDS  NC_013061  50686  51915  -  1230  peptidase M16 domain protein  YP_003090338  normal  0.880865  normal  0.513919  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0051  CDS  NC_013061  52042  53931  +  1890  heat shock protein 90  YP_003090339  normal  0.544882  normal  0.404377  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0052  CDS  NC_013061  53993  54457  -  465  hypothetical protein  YP_003090340  normal  0.455768  normal  0.402924  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0053  CDS  NC_013061  54692  55399  +  708  hypothetical protein  YP_003090341  normal  0.935944  normal  0.582705  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0054  CDS  NC_013061  55508  56095  +  588  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  YP_003090342  normal  0.528133  normal  0.722113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0055  CDS  NC_013061  56092  57375  +  1284  hypothetical protein  YP_003090343  normal  1  normal  0.337391  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0056  CDS  NC_013061  57372  60188  -  2817  peptidase M16 domain protein  YP_003090344  normal  1  normal  0.456752  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0057  CDS  NC_013061  60198  61661  -  1464  RagB/SusD domain protein  YP_003090345  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0058  CDS  NC_013061  61672  65229  -  3558  TonB-dependent receptor  YP_003090346  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0059  CDS  NC_013061  65273  66277  -  1005  FecR protein  YP_003090347  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0060  CDS  NC_013061  66369  66971  -  603  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  YP_003090348  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0061  CDS  NC_013061  67122  67715  +  594  Redoxin domain protein  YP_003090349  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0062  CDS  NC_013061  67854  68252  +  399  hypothetical protein  YP_003090350  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0063  CDS  NC_013061  68246  68878  +  633  hypothetical protein  YP_003090351  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0064  CDS  NC_013061  68905  70338  +  1434  hypothetical protein  YP_003090352  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0065  CDS  NC_013061  70377  70625  +  249  hypothetical protein  YP_003090353  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0066  CDS  NC_013061  70622  72160  -  1539  Mg chelatase, subunit ChlI  YP_003090354  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0067  CDS  NC_013061  72249  73589  -  1341  signal recognition particle protein  YP_003090355  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0068  CDS  NC_013061  73672  74697  -  1026  hypothetical protein  YP_003090356  normal  0.997714  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0069  CDS  NC_013061  74722  75045  -  324  hypothetical protein  YP_003090357  normal  0.963319  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0070  CDS  NC_013061  75042  75794  -  753  hypothetical protein  YP_003090358  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0071  CDS  NC_013061  75842  76753  -  912  Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  YP_003090359  normal  0.616993  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0072  CDS  NC_013061  76753  77433  -  681  Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  YP_003090360  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0073  CDS  NC_013061  77436  78071  -  636  O-methyltransferase family 3  YP_003090361  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0074  CDS  NC_013061  78081  78497  -  417  Holliday junction resolvase YqgF  YP_003090362  normal  0.974882  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0075  CDS  NC_013061  78603  79751  +  1149  DNA polymerase III gamma/tau subunit  YP_003090363  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0076  CDS  NC_013061  79754  81145  +  1392  PSP1 domain protein  YP_003090364  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0077  CDS  NC_013061  81142  81612  +  471  hypothetical protein  YP_003090365  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0078  CDS  NC_013061  81609  82910  -  1302  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  YP_003090366  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0079  CDS  NC_013061  83068  85518  +  2451  hypothetical protein  YP_003090367  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0080  CDS  NC_013061  85990  89112  +  3123  TonB-dependent receptor plug  YP_003090368  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0081  CDS  NC_013061  89134  90588  +  1455  hypothetical protein  YP_003090369  normal  0.898095  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0082  CDS  NC_013061  90676  91575  -  900  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  YP_003090370  normal  0.176259  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0083  CDS  NC_013061  91617  93725  +  2109  methionyl-tRNA synthetase  YP_003090371  normal  0.158203  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0084  CDS  NC_013061  93777  95621  +  1845  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  YP_003090372  normal  0.190697  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0085  CDS  NC_013061  96605  98185  -  1581  TROVE domain protein  YP_003090373  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0086  CDS  NC_013061  98288  99742  -  1455  protein of unknown function UPF0027  YP_003090374  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0087  CDS  NC_013061  99846  100892  +  1047  transcriptional regulator  YP_003090375  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0088  CDS  NC_013061  100922  101689  -  768  phospholipase/Carboxylesterase  YP_003090376  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0089  CDS  NC_013061  101680  102453  -  774  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA  YP_003090377  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0090  CDS  NC_013061  102570  103133  +  564  thiamine pyrophosphokinase  YP_003090378  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0091  CDS  NC_013061  103130  103624  +  495  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_003090379  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0092  CDS  NC_013061  103632  104591  -  960  peptidase M28  YP_003090380  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0093  CDS  NC_013061  104588  105673  -  1086  hypothetical protein  YP_003090381  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0094  CDS  NC_013061  105680  105817  +  138  hypothetical protein  YP_003090382  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0095  CDS  NC_013061  105847  106167  +  321  Rhodanese domain protein  YP_003090383  normal  0.819142  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0096  CDS  NC_013061  106170  106358  +  189  hypothetical protein  YP_003090384  normal  1  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0097  CDS  NC_013061  106345  107382  -  1038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  YP_003090385  normal  0.549415  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0098  CDS  NC_013061  107469  108437  +  969  hypothetical protein  YP_003090386  normal  0.543011  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0099  CDS  NC_013061  108447  109064  -  618  Rhomboid family protein  YP_003090387  normal  0.36939  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0100  CDS  NC_013061  109081  109788  -  708  hypothetical protein  YP_003090388  normal  0.240028  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 44    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>