More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0004 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  100 
 
 
63 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  85.48 
 
 
63 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 
63 aa  96.3  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
63 aa  95.1  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  70.97 
 
 
63 aa  93.6  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  68.25 
 
 
63 aa  93.6  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
63 aa  92  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
63 aa  89.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 
63 aa  87.8  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
64 aa  84.7  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
63 aa  84.7  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  58.73 
 
 
198 aa  83.2  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  59.02 
 
 
67 aa  79.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  58.73 
 
 
63 aa  76.3  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.56 
 
 
63 aa  73.6  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
64 aa  71.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
68 aa  68.2  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
68 aa  66.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0962  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  45.31 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
64 aa  63.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  47.76 
 
 
79 aa  63.5  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5002  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802588  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
68 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  41.79 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  43.28 
 
 
70 aa  61.6  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
70 aa  61.6  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.36 
 
 
132 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1521  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.12 
 
 
68 aa  61.2  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.490356  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.12 
 
 
68 aa  61.2  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.48 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32237  predicted protein  50 
 
 
106 aa  60.8  0.000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.18416 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4290  hypothetical protein  48.28 
 
 
68 aa  60.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  60.8  0.000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3463  cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.107115  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  41.79 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
68 aa  60.5  0.000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2487  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0454544  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0117  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
76 aa  60.5  0.000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  60.5  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  43.28 
 
 
67 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  60.1  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 
69 aa  60.1  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  45.31 
 
 
69 aa  60.1  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.18 
 
 
69 aa  60.1  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3620  cold-shock DNA-binding protein  46.55 
 
 
68 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.312449  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
68 aa  60.1  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.55 
 
 
80 aa  60.1  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>