More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02031 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02031  response regulator  100 
 
 		 448 aa  937    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  81.46 
 
 		 445 aa  768    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  48.07 
 
 		 443 aa  457  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1271  putative response regulator  45.01 
 
 		 443 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  32.41 
 
 		 443 aa  214  2.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2879  GGDEF domain-containing protein  27.85 
 
 		 421 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506111  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  33.06 
 
 		 435 aa  189  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3649  GGDEF family protein  29.97 
 
 		 456 aa  183  5.0000000000000004e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  29.02 
 
 		 451 aa  169  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.4 
 
 		 681 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 476 aa  136  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.25 
 
 		 901 aa  132  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  40.25 
 
 		 425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 336 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.87 
 
 		 418 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 775 aa  126  7e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.43 
 
 		 485 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 611 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 357 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.18 
 
 		 820 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 487 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 768 aa  123  7e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 492 aa  123  8e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 497 aa  122  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.48 
 
 		 791 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 373 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 486 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 485 aa  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 722 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 569 aa  121  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 381 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 532 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  41.72 
 
 		 381 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  35.64 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 447 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  41.88 
 
 		 489 aa  120  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 237 aa  120  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 736 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 458 aa  119  7e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 508 aa  120  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 419 aa  119  7.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 661 aa  119  9e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 362 aa  119  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 556 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.6 
 
 		 474 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 424 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 1826 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 517 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  36.26 
 
 		 346 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 227 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 485 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.13 
 
 		 413 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 486 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 583 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 423 aa  118  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.12 
 
 		 669 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 490 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 794 aa  118  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 486 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 486 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 347 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 		 580 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 466 aa  117  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  34.7 
 
 		 466 aa  117  6e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  34.7 
 
 		 466 aa  117  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 466 aa  117  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 659 aa  117  6e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  34.7 
 
 		 466 aa  117  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 574 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 381 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 631 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  34.7 
 
 		 454 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  34.7 
 
 		 454 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 314 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 486 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  35.89 
 
 		 721 aa  116  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  34.7 
 
 		 628 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 501 aa  116  7.999999999999999e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 507 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.45 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.42 
 
 		 448 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.67 
 
 		 457 aa  116  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 574 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 502 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 548 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 379 aa  116  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 480 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  38.92 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 488 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.55 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 		 332 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 638 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 378 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 322 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  38.27 
 
 		 634 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>