More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2057 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_2057  diguanylate cyclase  100 
 
 		 378 aa  742    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0373556  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2058  diguanylate cyclase  47.15 
 
 		 398 aa  295  7e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.143999  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2056  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 393 aa  208  1e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.019716  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0351  diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1914  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 364 aa  100  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136216  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3822  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 358 aa  99  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.36093 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5270  diguanylate cyclase  30.57 
 
 		 360 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5359  diguanylate cyclase  30.57 
 
 		 360 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5649  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 360 aa  97.4  4e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.222886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0796  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 361 aa  97.4  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.121691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5498  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 371 aa  96.7  6e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.260434  normal  0.0817101 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0112  diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 361 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0231042 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2385  diguanylate cyclase  26.85 
 
 		 362 aa  92.8  8e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626744 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5583  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 370 aa  89  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652721  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4819  diguanylate cyclase  26.89 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00140541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1453  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 568 aa  85.1  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 720 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1665  diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 372 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 385 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  32.47 
 
 		 490 aa  84.3  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  35.37 
 
 		 520 aa  84  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.6 
 
 		 668 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3082  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  26.27 
 
 		 550 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000925788 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.82 
 
 		 352 aa  81.6  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.6 
 
 		 668 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3126  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 341 aa  82  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45065  normal  0.164882 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 387 aa  82  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.81 
 
 		 557 aa  81.6  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  32.21 
 
 		 420 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2485  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 363 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 432 aa  80.5  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 631 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 391 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4247  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 395 aa  80.5  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897549 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 569 aa  80.1  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 728 aa  79.7  0.00000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 391 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  30.65 
 
 		 351 aa  80.1  0.00000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 267 aa  79.7  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  38.73 
 
 		 795 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.71 
 
 		 577 aa  79.7  0.00000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 456 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 457 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 392 aa  79.3  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1013  GGDEF family protein  33.33 
 
 		 359 aa  79  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.53 
 
 		 568 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  34.5 
 
 		 443 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 467 aa  78.2  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 466 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.5 
 
 		 1009 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.5 
 
 		 1009 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 725 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  40 
 
 		 375 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0679  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 367 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.656435 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.29 
 
 		 1079 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  41.42 
 
 		 795 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0190  cyclic nucleotide-binding protein  36.84 
 
 		 346 aa  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0274907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 460 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  31.64 
 
 		 621 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35 
 
 		 994 aa  77.4  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.32 
 
 		 1015 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 439 aa  77.8  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.32 
 
 		 1015 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 362 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  33.94 
 
 		 482 aa  77.4  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.32 
 
 		 1015 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 430 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0351  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.91 
 
 		 731 aa  77.4  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.213037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.32 
 
 		 1015 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.91 
 
 		 1020 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.11 
 
 		 356 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  35 
 
 		 436 aa  77  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1339  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 436 aa  77  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 427 aa  77  0.0000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.52 
 
 		 772 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.14 
 
 		 1018 aa  77  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3452  GGDEF domain-containing protein  30.39 
 
 		 363 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.646492 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 622 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2048  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.9 
 
 		 671 aa  76.6  0.0000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.127113  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.94 
 
 		 642 aa  76.6  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4783  diguanylate cyclase  26.37 
 
 		 388 aa  76.6  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.49598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.18 
 
 		 568 aa  77  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.12 
 
 		 892 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 527 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  34.34 
 
 		 892 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1874  GGDEF family protein  30.12 
 
 		 505 aa  76.3  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1138  GGDEF/EAL domain-containing protein  32.26 
 
 		 637 aa  76.3  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 618 aa  76.3  0.0000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4442  diguanylate cyclase  25.97 
 
 		 361 aa  76.3  0.0000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.5 
 
 		 1010 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.92 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4529  diguanylate cyclase  25.97 
 
 		 361 aa  76.3  0.0000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.532301 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  37.63 
 
 		 548 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>