More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2056 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_2056  diguanylate cyclase  100 
 
 		 393 aa  774    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.019716  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2058  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 398 aa  218  2e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.143999  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2057  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 378 aa  208  1e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0373556  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0112  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 361 aa  108  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0231042 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3822  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 358 aa  107  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.36093 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0351  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 374 aa  106  6e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5498  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 371 aa  106  9e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.260434  normal  0.0817101 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0796  diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 361 aa  103  7e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.121691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2385  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 362 aa  103  7e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626744 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  36 
 
 		 633 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1453  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 371 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5649  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 360 aa  96.3  8e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.222886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0345  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 361 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0356  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.174511  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5270  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 360 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0366  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 361 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5359  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 360 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 460 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 363 aa  94.7  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.28 
 
 		 550 aa  94.7  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4442  diguanylate cyclase  28.29 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4529  diguanylate cyclase  28.29 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.532301 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 466 aa  93.2  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4823  diguanylate cyclase  28.78 
 
 		 286 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.486218 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0679  diguanylate cyclase  26.85 
 
 		 367 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.656435 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  35.85 
 
 		 596 aa  90.9  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4783  diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 388 aa  90.5  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.49598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 353 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1665  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 372 aa  89.7  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5210  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 373 aa  89.7  8e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.122629  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5590  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 373 aa  89.7  8e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.165741 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5298  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 373 aa  89.7  8e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.88 
 
 		 728 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  29.44 
 
 		 443 aa  88.6  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 532 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.09 
 
 		 628 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.99 
 
 		 1073 aa  88.2  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  35.64 
 
 		 312 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  28.51 
 
 		 368 aa  87.8  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 356 aa  87.4  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.13 
 
 		 614 aa  87  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4412  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.79 
 
 		 574 aa  87  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0317543  normal  0.165306 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 388 aa  86.3  8e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  34 
 
 		 395 aa  86.3  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.92 
 
 		 793 aa  86.3  9e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 362 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1614  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.79 
 
 		 771 aa  85.9  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0431388 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 395 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7195  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.34 
 
 		 644 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.17 
 
 		 642 aa  86.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0523  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.4 
 
 		 609 aa  85.5  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0561371 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  37.97 
 
 		 448 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 547 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4002  diguanylate cyclase  27.5 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.138063  normal  0.0664832 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 359 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 400 aa  84.7  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 569 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 510 aa  84.7  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 556 aa  84.3  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.71 
 
 		 643 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 440 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 472 aa  84.3  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4819  diguanylate cyclase  27.37 
 
 		 360 aa  84.7  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00140541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1914  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 364 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136216  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.24 
 
 		 784 aa  84  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.35 
 
 		 1072 aa  84  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  34.16 
 
 		 402 aa  84  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  30.26 
 
 		 482 aa  83.6  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1477  GGDEF domain-containing protein  31.68 
 
 		 407 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  35.43 
 
 		 1076 aa  83.6  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  29.91 
 
 		 768 aa  83.6  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  30.45 
 
 		 768 aa  83.6  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  34.1 
 
 		 358 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 621 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1868  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4247  diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 395 aa  83.2  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897549 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 718 aa  83.2  0.000000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 495 aa  83.2  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.35 
 
 		 587 aa  83.2  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 341 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 667 aa  82.8  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  35.1 
 
 		 493 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02671  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  32.74 
 
 		 531 aa  82.4  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  35.54 
 
 		 448 aa  82.4  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  33.16 
 
 		 719 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  40.65 
 
 		 413 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 459 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 493 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 618 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1153  diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00439515  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 308 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 508 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 		 715 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  36.54 
 
 		 581 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.71 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 715 aa  82  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>