252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4670 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4670  choline dehydrogenase-like flavoprotein  100 
 
 		 478 aa  989    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0703924  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3718  hypothetical protein  62.74 
 
 		 483 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3452  hypothetical protein  62.74 
 
 		 480 aa  601  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0700524  normal  0.443587 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3248  hypothetical protein  62.95 
 
 		 480 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.713925  normal  0.212703 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1977  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit  37.87 
 
 		 480 aa  342  1e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000336524 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0154  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit-like  38.4 
 
 		 475 aa  325  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.54 
 
 		 538 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  29.34 
 
 		 539 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.14 
 
 		 539 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.32 
 
 		 533 aa  148  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 		 614 aa  144  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.32 
 
 		 539 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.32 
 
 		 539 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.32 
 
 		 539 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.51 
 
 		 539 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28 
 
 		 539 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  27.68 
 
 		 537 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.48 
 
 		 539 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.48 
 
 		 539 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.33 
 
 		 536 aa  139  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 		 540 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.44 
 
 		 550 aa  136  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.52 
 
 		 533 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.52 
 
 		 533 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.52 
 
 		 533 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.73 
 
 		 545 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.54 
 
 		 545 aa  135  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.48 
 
 		 552 aa  134  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  27.11 
 
 		 537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  27.11 
 
 		 537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  27.11 
 
 		 537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  27.11 
 
 		 537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  27.11 
 
 		 537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  27.11 
 
 		 537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  27.11 
 
 		 537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 		 545 aa  130  7.000000000000001e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 		 534 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.1 
 
 		 544 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  26.26 
 
 		 551 aa  123  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.2 
 
 		 534 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.43 
 
 		 534 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.43 
 
 		 534 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.98 
 
 		 556 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  27.31 
 
 		 549 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.98 
 
 		 556 aa  113  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.62 
 
 		 553 aa  110  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.06 
 
 		 526 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  26.71 
 
 		 539 aa  105  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.5 
 
 		 534 aa  104  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  26.98 
 
 		 563 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.36 
 
 		 545 aa  103  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.12 
 
 		 526 aa  103  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  26.98 
 
 		 563 aa  103  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  26.98 
 
 		 563 aa  103  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.72 
 
 		 531 aa  103  8e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  27.66 
 
 		 528 aa  103  1e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  26.39 
 
 		 521 aa  100  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.9 
 
 		 553 aa  99.4  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3137  dehydrogenase subunit  24.04 
 
 		 607 aa  99  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2982  putative dehydrogenase protein  24.04 
 
 		 607 aa  99  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.244285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  23.63 
 
 		 522 aa  98.2  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.07 
 
 		 579 aa  97.1  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.94 
 
 		 522 aa  97.1  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  27.48 
 
 		 547 aa  96.7  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  27.03 
 
 		 534 aa  96.7  9e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.22 
 
 		 559 aa  95.1  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.67 
 
 		 548 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.29 
 
 		 573 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.73 
 
 		 515 aa  94  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.7 
 
 		 547 aa  94  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.24 
 
 		 550 aa  93.6  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.61 
 
 		 582 aa  93.6  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.63 
 
 		 501 aa  93.2  9e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.96 
 
 		 572 aa  93.2  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.07 
 
 		 518 aa  92.8  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.01 
 
 		 516 aa  91.3  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.98 
 
 		 569 aa  91.3  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.43 
 
 		 511 aa  90.9  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.29 
 
 		 573 aa  90.5  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.19 
 
 		 565 aa  90.5  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.46 
 
 		 525 aa  90.1  7e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.87 
 
 		 560 aa  89.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.38 
 
 		 547 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.43 
 
 		 565 aa  87.8  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.36 
 
 		 563 aa  88.2  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.3 
 
 		 520 aa  87.4  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.76 
 
 		 570 aa  87  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.4 
 
 		 512 aa  87  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1598  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 586 aa  87  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.75 
 
 		 548 aa  87  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.61 
 
 		 524 aa  87  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4426  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.32 
 
 		 579 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.15 
 
 		 512 aa  85.9  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.08 
 
 		 570 aa  84.7  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.78 
 
 		 527 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  22.89 
 
 		 570 aa  84.3  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.4 
 
 		 698 aa  84  0.000000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.57 
 
 		 522 aa  83.6  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  22.97 
 
 		 565 aa  83.2  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.34 
 
 		 523 aa  83.2  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>