More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2140 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
407 aa  832    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  60.16 
 
 
411 aa  456  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  35.7 
 
 
413 aa  256  5e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  35.71 
 
 
406 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  34.95 
 
 
453 aa  223  7e-57  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  34.6 
 
 
470 aa  218  2e-55  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 
403 aa  217  2.9999999999999998e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  33.67 
 
 
459 aa  216  5e-55  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.37 
 
 
406 aa  212  9e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.37 
 
 
406 aa  212  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
401 aa  211  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
392 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
414 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  30.47 
 
 
439 aa  150  4e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  29.67 
 
 
394 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  31.03 
 
 
432 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1544  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
428 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
402 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
383 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
381 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.18 
 
 
383 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.19 
 
 
385 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.95 
 
 
381 aa  133  5e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
383 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
413 aa  123  7e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4443  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
413 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  27.18 
 
 
407 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  28.43 
 
 
415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  27.55 
 
 
416 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 
414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  26.22 
 
 
414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
408 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  26.28 
 
 
416 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  25.18 
 
 
416 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.03 
 
 
401 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
417 aa  106  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
402 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
339 aa  105  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2205  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
418 aa  104  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
406 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
416 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.19 
 
 
376 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
418 aa  102  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
434 aa  101  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
383 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
400 aa  98.6  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
382 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
436 aa  96.7  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.65 
 
 
387 aa  96.7  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
377 aa  95.1  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0781  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
429 aa  94  4e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
382 aa  94  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.15 
 
 
467 aa  92.4  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  23.61 
 
 
418 aa  92.4  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
383 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
382 aa  92  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
386 aa  92  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 
421 aa  90.5  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 
397 aa  90.1  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
400 aa  90.1  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0643  Extracellular ligand-binding receptor  22.97 
 
 
395 aa  89.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.83 
 
 
383 aa  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
375 aa  89  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
382 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
383 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
382 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.32 
 
 
393 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
377 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 
375 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  24.33 
 
 
383 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
401 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  24.86 
 
 
425 aa  87.4  4e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1675  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
387 aa  86.7  6e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0898959 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3836  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
410 aa  86.3  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.335848  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
378 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
396 aa  86.7  8e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 
441 aa  86.3  8e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
384 aa  85.9  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
414 aa  85.9  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2330  Extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 
386 aa  85.5  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
382 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 
374 aa  85.5  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
441 aa  85.5  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.72 
 
 
403 aa  84.7  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 
382 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.11 
 
 
515 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  26.64 
 
 
382 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
381 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 
461 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 
461 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3401  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
379 aa  83.2  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.388266 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
390 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  27.31 
 
 
371 aa  83.2  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
382 aa  83.2  0.000000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2499  twin-arginine translocation pathway signal  24.48 
 
 
407 aa  83.2  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.88 
 
 
402 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  24.31 
 
 
382 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  25.07 
 
 
662 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>