201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0781 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0781  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
429 aa  859    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2205  extracellular ligand-binding receptor  45.2 
 
 
418 aa  351  2e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
407 aa  95.5  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
453 aa  79  0.0000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.64 
 
 
406 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.64 
 
 
406 aa  78.2  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  21.88 
 
 
413 aa  78.2  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
470 aa  75.9  0.000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
459 aa  74.7  0.000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  23.34 
 
 
439 aa  72.4  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  23.45 
 
 
414 aa  72.4  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  22.29 
 
 
406 aa  71.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  23.65 
 
 
411 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4443  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
413 aa  70.1  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  22.7 
 
 
404 aa  69.7  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.73 
 
 
376 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
397 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  22.7 
 
 
404 aa  69.3  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4487  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 
384 aa  69.3  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00567759  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  22.38 
 
 
404 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
401 aa  68.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  24.27 
 
 
405 aa  68.2  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  23.29 
 
 
395 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
376 aa  67.4  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
396 aa  67.4  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.8 
 
 
396 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  22.97 
 
 
432 aa  64.7  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
392 aa  63.9  0.000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  21.43 
 
 
441 aa  62.8  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
403 aa  62.4  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
386 aa  61.6  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
386 aa  61.6  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 
372 aa  61.6  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
383 aa  60.1  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  24.76 
 
 
407 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
373 aa  59.3  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  22.25 
 
 
402 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  22.31 
 
 
419 aa  57  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
400 aa  57  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  20.8 
 
 
412 aa  56.6  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  21.69 
 
 
397 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  21.69 
 
 
397 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  21.3 
 
 
417 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2956  extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 
400 aa  56.2  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  21.18 
 
 
376 aa  56.2  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  21.28 
 
 
386 aa  55.8  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  22.92 
 
 
374 aa  55.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  22.47 
 
 
390 aa  55.5  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
382 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.01 
 
 
379 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  21.75 
 
 
421 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  21.75 
 
 
421 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  21.11 
 
 
411 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
426 aa  54.3  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  21.9 
 
 
421 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.26 
 
 
399 aa  53.9  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  22.03 
 
 
397 aa  53.9  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.08 
 
 
397 aa  53.5  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
372 aa  53.9  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  20.64 
 
 
412 aa  53.5  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1544  extracellular ligand-binding receptor  20.1 
 
 
428 aa  53.5  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  22.76 
 
 
403 aa  53.1  0.000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  23.04 
 
 
373 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
376 aa  52.8  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  22.53 
 
 
386 aa  53.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 
382 aa  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  24.34 
 
 
371 aa  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  22.41 
 
 
366 aa  51.6  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2663  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  20.32 
 
 
412 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0749447  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  34.31 
 
 
414 aa  51.6  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  23.37 
 
 
412 aa  51.2  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  33.86 
 
 
377 aa  51.6  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  22.82 
 
 
398 aa  51.6  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  22.27 
 
 
375 aa  50.4  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3836  extracellular ligand-binding receptor  36.05 
 
 
410 aa  50.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.335848  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  24.84 
 
 
419 aa  50.4  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 
401 aa  50.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 
397 aa  50.4  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 
377 aa  50.4  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4646  extracellular ligand-binding receptor  22.57 
 
 
384 aa  49.7  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  20.05 
 
 
378 aa  49.7  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  21.74 
 
 
388 aa  49.7  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  20.59 
 
 
371 aa  49.7  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
389 aa  49.7  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  24.25 
 
 
393 aa  49.3  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  21.86 
 
 
402 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
377 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3020  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  19.57 
 
 
412 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  21.32 
 
 
389 aa  48.5  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  22.18 
 
 
374 aa  48.9  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 
387 aa  48.5  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
386 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 
387 aa  48.5  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
389 aa  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
385 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  21.53 
 
 
402 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  22.78 
 
 
395 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  22.07 
 
 
393 aa  47.4  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.52 
 
 
384 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  22.34 
 
 
413 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>