More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2269 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2166  acriflavin resistance protein  39.52 
 
 		 1060 aa  752    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4483  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.66 
 
 		 1074 aa  714    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2011  acriflavin resistance protein  37.86 
 
 		 1060 aa  718    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4648  AcrB/AcrD/AcrF family protein  63.78 
 
 		 1041 aa  1367    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0945  AcrB/AcrD/AcrF family protein  39.75 
 
 		 1067 aa  801    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02660  putative multidrug resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  35.95 
 
 		 1056 aa  652    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.814389  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0765  acriflavin resistance protein  39.94 
 
 		 1049 aa  806    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.114262 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3648  acriflavin resistance protein  40.04 
 
 		 1063 aa  829    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  42.07 
 
 		 1052 aa  814    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0800  acriflavin resistance protein  41.68 
 
 		 1048 aa  857    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0885  acriflavin resistance protein  40.54 
 
 		 1063 aa  832    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0888  acriflavin resistance protein  41.31 
 
 		 1055 aa  845    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.869514 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3454  acriflavin resistance protein  40.04 
 
 		 1063 aa  830    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2269  RND family efflux transporter  100 
 
 		 1039 aa  2109    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3095  AcrB/AcrD/AcrF family protein  38.94 
 
 		 1093 aa  732    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.396369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3934  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  36.2 
 
 		 1042 aa  656    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1710  acriflavin resistance protein  39.23 
 
 		 1060 aa  725    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0432348  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06545  hypothetical protein  37.21 
 
 		 1052 aa  665    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0403  acriflavin resistance protein  37.35 
 
 		 1069 aa  696    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3529  acriflavin resistance protein  40.04 
 
 		 1063 aa  831    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01000  RND family efflux transporter  41.51 
 
 		 1044 aa  831    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.703446  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0788  acriflavin resistance protein  39.61 
 
 		 1067 aa  821    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2177  acriflavin resistance protein  38.71 
 
 		 1057 aa  737    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.754609  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2469  acriflavin resistance protein  39.13 
 
 		 1073 aa  745    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.969761  normal  0.0970954 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3235  acriflavin resistance protein  39.71 
 
 		 1067 aa  823    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.890283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0658  acriflavin resistance protein  38.88 
 
 		 1050 aa  788    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6348  acriflavin resistance protein  40.15 
 
 		 1121 aa  778    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1929  acriflavin resistance protein  37.51 
 
 		 1061 aa  694    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.323076  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0475  acriflavin resistance protein  38.25 
 
 		 1072 aa  676    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1895  acriflavin resistance protein  37.48 
 
 		 1051 aa  667    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.691491  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0838  acriflavin resistance protein  40.14 
 
 		 1063 aa  830    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.64825  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0890  acriflavin resistance protein  40.06 
 
 		 1053 aa  815    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000668  RND multidrug efflux transporter  36.53 
 
 		 1050 aa  646    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644957  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3338  acriflavin resistance protein  39.52 
 
 		 1067 aa  820    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  37.77 
 
 		 1034 aa  655    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2362  acriflavin resistance protein  39.55 
 
 		 1032 aa  725    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000980319  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2378  acriflavin resistance protein  39.94 
 
 		 1038 aa  688    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2744  AcrB/AcrD/AcrF family protein  39.69 
 
 		 1067 aa  811    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1975  acriflavin resistance protein  35.43 
 
 		 1062 aa  632  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.240252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3036  efflux transporter  36.91 
 
 		 1075 aa  630  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3677  acriflavin resistance protein  35.13 
 
 		 1053 aa  630  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3597  acriflavin resistance protein  35.02 
 
 		 1068 aa  609  9.999999999999999e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.335598  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1447  acriflavin resistance protein  34.16 
 
 		 1066 aa  594  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.387723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0813  acriflavin resistance protein  34.37 
 
 		 1053 aa  582  1e-164  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01595  RND family efflux transporter  34.21 
 
 		 1071 aa  580  1e-164  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1842  acriflavin resistance protein  33.01 
 
 		 1098 aa  578  1.0000000000000001e-163  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1210  acriflavin resistance protein  34.28 
 
 		 1074 aa  573  1.0000000000000001e-162  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.154202  normal  0.271752 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1848  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.45 
 
 		 1054 aa  571  1e-161  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2384  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.59 
 
 		 1060 aa  566  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3188  acriflavin resistance protein  33.11 
 
 		 1033 aa  566  1e-160  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53306  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2447  RND family efflux transporter  32.2 
 
 		 1053 aa  553  1e-156  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0926263  normal  0.198336 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0709  RND family efflux transporter  34.31 
 
 		 1048 aa  550  1e-155  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0718585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0243  acriflavin resistance protein  33.07 
 
 		 1054 aa  551  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0292102  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1635  acriflavin resistance protein  33.4 
 
 		 1054 aa  546  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1563  acriflavin resistance protein  31.43 
 
 		 1041 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2936  acriflavin resistance protein  34.16 
 
 		 1053 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1637  acriflavin resistance protein  34.11 
 
 		 1048 aa  541  9.999999999999999e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000116339  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0258  acriflavin resistance protein  33.59 
 
 		 1040 aa  538  1e-151  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.359322  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  32.98 
 
 		 1033 aa  537  1e-151  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  32.88 
 
 		 1050 aa  536  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3901  acriflavin resistance protein  32.95 
 
 		 1041 aa  535  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406058 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1568  acriflavin resistance protein  32.75 
 
 		 1043 aa  529  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.888167  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1733  acriflavin resistance protein  33.3 
 
 		 1064 aa  524  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373856  normal  0.683525 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06541  hypothetical protein  32.01 
 
 		 1033 aa  521  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3096  acriflavin resistance protein  31.36 
 
 		 1030 aa  515  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2915  acriflavin resistance protein  31.68 
 
 		 1035 aa  509  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1756  acriflavin resistance protein  30.75 
 
 		 1041 aa  508  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0380  integral membrane protein, AcrB/AcrD/AcrF family  31.56 
 
 		 1034 aa  499  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3565  acriflavin resistance protein  31.03 
 
 		 1036 aa  499  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.909012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2206  acriflavin resistance protein  29.5 
 
 		 1063 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.577957  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1057  acriflavin resistance protein  28.92 
 
 		 1035 aa  454  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.828249  normal  0.914688 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  28.38 
 
 		 1044 aa  402  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2099  acriflavin resistance protein  28.85 
 
 		 1043 aa  395  1e-108  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3898  acriflavin resistance protein  29.25 
 
 		 1131 aa  391  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.377402 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1066  acriflavin resistance protein  28.13 
 
 		 1035 aa  387  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0284295  hitchhiker  0.000200954 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1402  acriflavin resistance protein  27.71 
 
 		 1030 aa  388  1e-106  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335441 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  27.94 
 
 		 1038 aa  384  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  28.68 
 
 		 1092 aa  381  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  27.11 
 
 		 1050 aa  378  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  27.28 
 
 		 1034 aa  377  1e-103  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  28.11 
 
 		 1043 aa  375  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1782  acriflavin resistance protein  29.3 
 
 		 1043 aa  376  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.849886  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3066  acriflavin resistance protein  29.78 
 
 		 1137 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3081  efflux transporter  30.69 
 
 		 1135 aa  370  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00863053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  27.93 
 
 		 1055 aa  368  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  28.6 
 
 		 1044 aa  361  4e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0074  acriflavin resistance protein  25.55 
 
 		 1056 aa  359  1.9999999999999998e-97  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3431  acriflavin resistance protein  27.52 
 
 		 1143 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1842  acriflavin resistance protein  27.13 
 
 		 1058 aa  358  2.9999999999999997e-97  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.844387  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  26.72 
 
 		 1011 aa  358  3.9999999999999996e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1145  acriflavin resistance protein  27.33 
 
 		 1191 aa  353  1e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000258261  normal  0.148502 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1969  acriflavin resistance protein  27.43 
 
 		 1064 aa  353  1e-95  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00241443  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5504  acriflavin resistance protein  27.54 
 
 		 1146 aa  347  7e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.39476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2480  acriflavin resistance protein  26.41 
 
 		 1028 aa  346  1e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3708  acriflavin resistance protein  26.2 
 
 		 1063 aa  340  5.9999999999999996e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1499  resistance-nodulation-cell division family transporter  26.97 
 
 		 1005 aa  338  2.9999999999999997e-91  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0354  acriflavin resistance protein  28.42 
 
 		 1101 aa  337  5.999999999999999e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00649102  unclonable  0.0000000737583 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2392  acriflavin resistance protein  26.05 
 
 		 1028 aa  336  2e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430925  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0965  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.9 
 
 		 1024 aa  334  4e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00708155  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1679  acriflavin resistance protein  27.35 
 
 		 1048 aa  334  5e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.906292  normal  0.699127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>