More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4314 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  100 
 
 		 379 aa  758    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  50 
 
 		 392 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  46.49 
 
 		 1636 aa  155  9e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  44.04 
 
 		 1637 aa  153  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 435 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  34 
 
 		 417 aa  150  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 410 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 578 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 578 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  44.57 
 
 		 1629 aa  146  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  44.92 
 
 		 1726 aa  145  8.000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.93 
 
 		 372 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  39.64 
 
 		 1643 aa  143  4e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 415 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  46.82 
 
 		 649 aa  143  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 422 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 415 aa  142  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.43 
 
 		 843 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 578 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  38.5 
 
 		 641 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  36.51 
 
 		 574 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 405 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  45.51 
 
 		 347 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 308 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 304 aa  140  4.999999999999999e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1004  GGDEF domain protein  31.23 
 
 		 413 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368177  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6542  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 438 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 362 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 357 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 354 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.3 
 
 		 463 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 578 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  44.94 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  44.21 
 
 		 555 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4068  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 390 aa  136  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.695681 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3774  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 395 aa  136  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.121242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 355 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 453 aa  135  9e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4550  serine/threonine protein kinase  41.67 
 
 		 1649 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.773527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0870  GGDEF  31.61 
 
 		 397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.534122 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 304 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.55 
 
 		 352 aa  134  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  43.02 
 
 		 334 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  34.6 
 
 		 1034 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.57 
 
 		 344 aa  133  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 579 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  44.27 
 
 		 410 aa  132  7.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 579 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 354 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 516 aa  132  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 354 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 584 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  42.63 
 
 		 528 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.16 
 
 		 890 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 534 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  41.92 
 
 		 583 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  43.82 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.16 
 
 		 890 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 353 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 346 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 579 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 648 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 313 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.11 
 
 		 325 aa  129  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.5 
 
 		 335 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 547 aa  129  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 384 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 378 aa  129  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.37 
 
 		 686 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  42.46 
 
 		 334 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 384 aa  129  9.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  44.58 
 
 		 688 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  42.29 
 
 		 375 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 612 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  41.71 
 
 		 375 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 498 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 571 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 378 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>