More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4284 on replicon NC_009008
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009008  RSP_4284  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1687 aa  3396    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4111  YD repeat-containing protein  99.59 
 
 		 1687 aa  3381    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  27.28 
 
 		 1623 aa  306  2.0000000000000002e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  25.35 
 
 		 1271 aa  149  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.34 
 
 		 2096 aa  146  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  25.08 
 
 		 1485 aa  127  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.74 
 
 		 2277 aa  113  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.89 
 
 		 3027 aa  112  6e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  24.13 
 
 		 1381 aa  111  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  24.83 
 
 		 1600 aa  108  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  22.56 
 
 		 1917 aa  108  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  22.73 
 
 		 1572 aa  105  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  25.16 
 
 		 3073 aa  105  9e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  21.83 
 
 		 1840 aa  104  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  22.18 
 
 		 1942 aa  103  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.94 
 
 		 2149 aa  103  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.22 
 
 		 2035 aa  100  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.57 
 
 		 1352 aa  99.4  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  22.83 
 
 		 1614 aa  97.8  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  21.75 
 
 		 1576 aa  95.1  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  22.11 
 
 		 1669 aa  94  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  22.98 
 
 		 1611 aa  93.6  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  22.51 
 
 		 1834 aa  93.2  4e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  25.52 
 
 		 1732 aa  92.4  7e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  21.77 
 
 		 1400 aa  92  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  24.21 
 
 		 1359 aa  90.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  21.79 
 
 		 1386 aa  91.3  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  26.1 
 
 		 927 aa  89.7  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  22.99 
 
 		 1586 aa  89.4  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  25 
 
 		 1467 aa  88.2  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  23.71 
 
 		 1509 aa  88.2  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  23.25 
 
 		 1953 aa  87  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  22.99 
 
 		 1595 aa  87.4  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  25.6 
 
 		 2731 aa  86.3  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  22.18 
 
 		 1409 aa  85.9  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  24.52 
 
 		 1599 aa  85.9  0.000000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.09 
 
 		 1528 aa  85.1  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  24.91 
 
 		 678 aa  85.1  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  21.63 
 
 		 866 aa  84.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.71 
 
 		 1433 aa  84.3  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  23.97 
 
 		 1488 aa  84.3  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  25.33 
 
 		 3689 aa  83.6  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  26.92 
 
 		 2374 aa  83.6  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.23 
 
 		 1489 aa  82.8  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  22.74 
 
 		 1485 aa  82.8  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  22.41 
 
 		 867 aa  81.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  23.28 
 
 		 1379 aa  81.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  21.58 
 
 		 1230 aa  81.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  25.82 
 
 		 3193 aa  81.6  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  24.03 
 
 		 903 aa  82  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  21.28 
 
 		 1411 aa  80.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  24.97 
 
 		 2032 aa  80.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  23.63 
 
 		 738 aa  80.5  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  20.53 
 
 		 1385 aa  80.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  23.05 
 
 		 2294 aa  76.6  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  23.75 
 
 		 1518 aa  77  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.51 
 
 		 1959 aa  76.6  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  25.33 
 
 		 690 aa  76.3  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  24.51 
 
 		 1197 aa  75.9  0.000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  23.65 
 
 		 1543 aa  75.9  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  23.82 
 
 		 1508 aa  75.5  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1310  YD repeat protein  24.89 
 
 		 2387 aa  75.5  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  23.82 
 
 		 1429 aa  74.7  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.51 
 
 		 1552 aa  73.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  26.98 
 
 		 2554 aa  73.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  21.63 
 
 		 1573 aa  74.7  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  27.23 
 
 		 1410 aa  73.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  21.7 
 
 		 1259 aa  73.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  25.57 
 
 		 1495 aa  73.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  24.61 
 
 		 3273 aa  73.6  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  25.76 
 
 		 1160 aa  73.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  27.58 
 
 		 890 aa  73.2  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  22.94 
 
 		 889 aa  73.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  25 
 
 		 613 aa  72.8  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  24.71 
 
 		 1528 aa  72.4  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  23.16 
 
 		 1568 aa  72.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.67 
 
 		 2094 aa  72.4  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  24.54 
 
 		 1434 aa  72.4  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  25.99 
 
 		 1415 aa  72.4  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  21.71 
 
 		 1517 aa  72  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0876  YD repeat protein  27.37 
 
 		 396 aa  72  0.00000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249892 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.15 
 
 		 1560 aa  71.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  22.75 
 
 		 1976 aa  72  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  25.83 
 
 		 2658 aa  71.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  23.8 
 
 		 1681 aa  71.2  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  23.24 
 
 		 1319 aa  71.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  23.74 
 
 		 2401 aa  70.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  22.64 
 
 		 1464 aa  70.5  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1603  YD repeat protein  24.25 
 
 		 840 aa  69.7  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1253  wall-associated protein  23.54 
 
 		 765 aa  69.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  24.3 
 
 		 1147 aa  70.1  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  23.85 
 
 		 1362 aa  68.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  26.18 
 
 		 1417 aa  68.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01120  Rhs family protein  26.08 
 
 		 1053 aa  68.2  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  25.49 
 
 		 423 aa  68.6  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  23.25 
 
 		 2437 aa  68.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  24.65 
 
 		 741 aa  67.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  21.89 
 
 		 1149 aa  67.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  22.99 
 
 		 1520 aa  67.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  22.52 
 
 		 1140 aa  67  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>