More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3135 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  95.56 
 
 
450 aa  871    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  97.78 
 
 
450 aa  890    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  97.56 
 
 
450 aa  889    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  89.78 
 
 
450 aa  851    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
450 aa  928    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  68.43 
 
 
451 aa  632  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  68.26 
 
 
448 aa  625  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  66.52 
 
 
452 aa  617  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  39.41 
 
 
450 aa  285  9e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  38.6 
 
 
451 aa  242  9e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  34.24 
 
 
438 aa  213  7e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  34.19 
 
 
415 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
416 aa  183  5.0000000000000004e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.63 
 
 
415 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
411 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
415 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1749  ABC transporter substrate-binding protein  28.51 
 
 
442 aa  155  2e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239653  normal  0.31899 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  30.57 
 
 
415 aa  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
415 aa  151  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  30.57 
 
 
415 aa  151  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1758  leucine-binding protein  28.05 
 
 
425 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0284515  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
413 aa  147  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.79 
 
 
396 aa  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  30.39 
 
 
399 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.84 
 
 
403 aa  130  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  28 
 
 
410 aa  130  6e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  30.34 
 
 
397 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.65 
 
 
401 aa  126  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.5 
 
 
401 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  28.88 
 
 
395 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 
397 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  28.25 
 
 
401 aa  125  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
396 aa  124  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
401 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  29.55 
 
 
397 aa  124  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
406 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  29.14 
 
 
400 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  28.57 
 
 
400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
406 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  29.14 
 
 
400 aa  121  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
399 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.32 
 
 
399 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
398 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  28.46 
 
 
406 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  28.13 
 
 
417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
400 aa  118  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
398 aa  118  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.61 
 
 
400 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
402 aa  117  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
417 aa  117  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
384 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.34 
 
 
402 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
402 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.57 
 
 
400 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.34 
 
 
400 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.57 
 
 
400 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.29 
 
 
397 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
397 aa  113  9e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  26.24 
 
 
401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.91 
 
 
401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  26 
 
 
417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
402 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.26 
 
 
407 aa  111  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  27.79 
 
 
410 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.33 
 
 
402 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.63 
 
 
401 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
398 aa  110  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
415 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
445 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
417 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  27.81 
 
 
402 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
397 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  25.52 
 
 
413 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.81 
 
 
404 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
396 aa  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.27 
 
 
401 aa  107  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  25.44 
 
 
411 aa  106  7e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.78 
 
 
392 aa  106  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.82 
 
 
399 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
404 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4079  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.72 
 
 
405 aa  106  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23084  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.82 
 
 
399 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 
399 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.82 
 
 
399 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.81 
 
 
401 aa  105  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
397 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.56 
 
 
397 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.12 
 
 
396 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
417 aa  104  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
399 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
415 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
401 aa  103  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.57 
 
 
399 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2526  ABC transporter substrate-binding protein  28.03 
 
 
411 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.779779  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
404 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.06 
 
 
398 aa  103  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1339  ABC transporter substrate binding protein  27.23 
 
 
412 aa  103  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358784  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  26.65 
 
 
413 aa  103  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  26.25 
 
 
404 aa  103  8e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>