More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0239 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_0239  pilus assembly protein PilE  100 
 
 		 145 aa  300  6.000000000000001e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.179125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0268  putative pilin protein PilE  64.43 
 
 		 157 aa  165  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.405094  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  34.85 
 
 		 151 aa  87.4  5e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  34.85 
 
 		 151 aa  87.4  5e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  33.77 
 
 		 152 aa  79.7  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  37.23 
 
 		 145 aa  77.8  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  46.46 
 
 		 132 aa  78.2  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2024  hypothetical protein  30.38 
 
 		 173 aa  77.4  0.00000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.833436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  35.77 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  38.62 
 
 		 133 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  35.77 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  38.89 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  35.66 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  33.33 
 
 		 159 aa  69.3  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  38.32 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.88 
 
 		 170 aa  68.2  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  44.27 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  36.75 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  32.23 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  31.4 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.23 
 
 		 150 aa  67  0.00000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  35.71 
 
 		 140 aa  67  0.00000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  33.33 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  34.23 
 
 		 164 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  45.16 
 
 		 155 aa  66.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  33.61 
 
 		 143 aa  65.9  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  39.34 
 
 		 148 aa  65.9  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  33.9 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  34.64 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  32.5 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  32.19 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  46.38 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  34.96 
 
 		 122 aa  63.2  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  57.69 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  57.69 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  44.62 
 
 		 138 aa  63.2  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  44.12 
 
 		 146 aa  62  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  43.84 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  43.4 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  33.57 
 
 		 147 aa  61.6  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  30.83 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  31.67 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  36.48 
 
 		 168 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  42.53 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  50 
 
 		 188 aa  60.8  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  57.14 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  34.88 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  41.25 
 
 		 153 aa  60.1  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  48.28 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  49.15 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  36.36 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  49.25 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  61.9 
 
 		 173 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  55.32 
 
 		 167 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  40.95 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  58.7 
 
 		 130 aa  59.7  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  53.33 
 
 		 167 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  69.23 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  45.59 
 
 		 161 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  67.5 
 
 		 170 aa  59.3  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  40.58 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0210  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.03 
 
 		 154 aa  59.3  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103934  normal  0.61486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.41 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  45.83 
 
 		 165 aa  58.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  31.45 
 
 		 178 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  64.1 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0331  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.9 
 
 		 172 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1931  type II secretion system protein G  33.98 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000053439  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  46.43 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  61.22 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  41.94 
 
 		 164 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  72.97 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  66.67 
 
 		 160 aa  58.2  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  50 
 
 		 160 aa  58.2  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  61.54 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  45.16 
 
 		 147 aa  57.8  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.53 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.53 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  68.57 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  43.08 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  70.27 
 
 		 179 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  60.42 
 
 		 168 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  58.7 
 
 		 130 aa  57.4  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  25.98 
 
 		 138 aa  57.4  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  58.7 
 
 		 130 aa  57.4  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  67.5 
 
 		 179 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  69.23 
 
 		 163 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  68.57 
 
 		 143 aa  57  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0126  Tfp pilus assembly protein PilE-like  57.14 
 
 		 151 aa  57  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0148502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  63.41 
 
 		 111 aa  57  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  76.47 
 
 		 146 aa  57  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  63.16 
 
 		 136 aa  57  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0422  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  44.87 
 
 		 163 aa  57  0.00000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.253002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  50 
 
 		 132 aa  57  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  55.1 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3498  putative major pilin subunit  54 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  64.1 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1041  putative major pilin subunit  54 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.131052 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  65 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2909  pilus assembly protein  42.86 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256003  normal  0.0433853 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>