More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0927 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  100 
 
 		 142 aa  277  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  51.11 
 
 		 134 aa  97.8  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  42.11 
 
 		 139 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03231  type IV pilin  51.8 
 
 		 141 aa  90.5  7e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0578635  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  44.2 
 
 		 148 aa  89.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0652  putative major pilin subunit  43.43 
 
 		 145 aa  88.2  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0110  putative major pilin subunit  41.41 
 
 		 146 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000976692  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00107  predicted major pilin subunit  41.41 
 
 		 146 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686894  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3494  putative major pilin subunit  41.41 
 
 		 146 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00106  hypothetical protein  41.41 
 
 		 146 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0111  putative major pilin subunit  41.41 
 
 		 146 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.273778  normal  0.482641 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0114  putative major pilin subunit  41.41 
 
 		 146 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00878541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3551  putative major pilin subunit  41.41 
 
 		 146 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  46.83 
 
 		 152 aa  84  7e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0157  putative major pilin subunit  43.33 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0158  putative major pilin subunit  43.33 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.320147 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0161  putative major pilin subunit  43.33 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0156  putative major pilin subunit  43.33 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0164  putative major pilin subunit  43.33 
 
 		 145 aa  80.9  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3370  putative major pilin subunit  31.76 
 
 		 154 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.981789  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3498  putative major pilin subunit  31.76 
 
 		 154 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1041  putative major pilin subunit  31.76 
 
 		 154 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.131052 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  39.1 
 
 		 160 aa  80.5  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  45.38 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  41.41 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3604  methylation site containing protein  42.38 
 
 		 150 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0981563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  57.63 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  66 
 
 		 169 aa  73.9  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3575  putative major pilin subunit  51.52 
 
 		 148 aa  73.9  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0627  putative major pilin subunit  34.88 
 
 		 147 aa  73.6  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  43.2 
 
 		 147 aa  73.6  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  37.97 
 
 		 169 aa  72.8  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  53.97 
 
 		 141 aa  72  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0241  pilus assembly protein major pilin PilA  41.43 
 
 		 137 aa  72  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0389135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  66 
 
 		 168 aa  71.2  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  65.38 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0240  pilus assembly protein major pilin PilA  59.74 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0628338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  65.38 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  42.4 
 
 		 170 aa  68.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  57.63 
 
 		 153 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  50 
 
 		 167 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0666  putative major pilin subunit  46.03 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  62 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  55 
 
 		 179 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0548  hypothetical protein  51.56 
 
 		 169 aa  67.8  0.00000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  56.25 
 
 		 165 aa  67.8  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  68 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  56.45 
 
 		 178 aa  67.8  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0126  Tfp pilus assembly protein PilE-like  45.95 
 
 		 151 aa  67.8  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0148502  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  65.45 
 
 		 168 aa  67  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0926  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  36.36 
 
 		 171 aa  66.6  0.00000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000619994  hitchhiker  8.71814e-18 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  55.74 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  59.32 
 
 		 157 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  54.84 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  38.6 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0248  type IV-A pilin protein PilA  40.71 
 
 		 140 aa  65.5  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  58 
 
 		 138 aa  65.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1950  type 4 major prepilin protein  40.71 
 
 		 140 aa  65.5  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  44.55 
 
 		 169 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  55.77 
 
 		 179 aa  65.9  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  35.66 
 
 		 170 aa  63.9  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  63.83 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  63.83 
 
 		 139 aa  63.5  0.0000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  37.72 
 
 		 147 aa  63.5  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  44.59 
 
 		 138 aa  63.2  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0778  putative major pilin subunit  37.4 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.282889 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  70.73 
 
 		 163 aa  63.2  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  40.71 
 
 		 140 aa  63.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  42.5 
 
 		 142 aa  63.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  64.58 
 
 		 167 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  65.31 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  62.5 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  60.42 
 
 		 166 aa  62  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  50.82 
 
 		 133 aa  62  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  41.24 
 
 		 133 aa  62  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2019  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.28 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  66.67 
 
 		 146 aa  61.6  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  60 
 
 		 173 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  46.67 
 
 		 166 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  54 
 
 		 182 aa  60.8  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  63.64 
 
 		 152 aa  61.2  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20881  pilin  40.74 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  45.57 
 
 		 162 aa  60.8  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  39.13 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  36.69 
 
 		 137 aa  60.5  0.000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.95 
 
 		 157 aa  60.5  0.000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  41.25 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  41.67 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  53.06 
 
 		 165 aa  60.1  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0934015 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  44.26 
 
 		 140 aa  59.7  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1096  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.54 
 
 		 157 aa  59.3  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.292656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  79.41 
 
 		 111 aa  59.3  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4536  fimbrial protein pilin  46.15 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  35.16 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  73.68 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  54.35 
 
 		 168 aa  58.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  78.79 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  43.59 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0656  general secretion pathway protein H  44.21 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  73.68 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>