More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0463 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  100 
 
 		 167 aa  336  7e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  56.55 
 
 		 167 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  42.77 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  39.56 
 
 		 169 aa  90.5  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  38.37 
 
 		 179 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  40 
 
 		 169 aa  80.1  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  43.27 
 
 		 162 aa  78.6  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  36.31 
 
 		 163 aa  77.8  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  55.74 
 
 		 147 aa  77.4  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  32.32 
 
 		 160 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  31.09 
 
 		 178 aa  75.5  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  54.1 
 
 		 170 aa  75.1  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  33.33 
 
 		 169 aa  74.7  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  54.84 
 
 		 174 aa  74.7  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  50.57 
 
 		 111 aa  74.3  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  55.36 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  32.24 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  55.74 
 
 		 136 aa  73.6  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  32.95 
 
 		 168 aa  73.9  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  36.36 
 
 		 162 aa  72.8  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  31.67 
 
 		 179 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  48.39 
 
 		 168 aa  72  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  51.28 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  56.36 
 
 		 138 aa  72  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  35.66 
 
 		 141 aa  71.2  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  32.79 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  52.31 
 
 		 173 aa  70.5  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  69.39 
 
 		 160 aa  70.1  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  35.4 
 
 		 170 aa  70.1  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  37.27 
 
 		 141 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  39.45 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  39.42 
 
 		 146 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  37.19 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  50 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  50 
 
 		 142 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0677  putative type IV fimbrial pilin protein  52.24 
 
 		 207 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  29.14 
 
 		 179 aa  67.8  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  53.45 
 
 		 165 aa  67.8  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  34.57 
 
 		 153 aa  67  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  68.89 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  53.12 
 
 		 173 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  50.75 
 
 		 207 aa  67  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  68.89 
 
 		 143 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.29 
 
 		 147 aa  66.2  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  59.26 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  46.55 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  56.14 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  59.18 
 
 		 166 aa  65.5  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  32.08 
 
 		 159 aa  65.5  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  55.56 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0797  pilin  36.57 
 
 		 148 aa  65.1  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  45.57 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  37.24 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  38.3 
 
 		 149 aa  64.3  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  54.72 
 
 		 166 aa  63.9  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0571  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.59 
 
 		 163 aa  63.9  0.0000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  37.89 
 
 		 140 aa  64.3  0.0000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0230  Fimbrial protein pilin  49.23 
 
 		 161 aa  63.9  0.0000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3386  hypothetical protein  28.57 
 
 		 438 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00409988 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1866  hypothetical protein  28.57 
 
 		 446 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.287595  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0157  putative major pilin subunit  40.96 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  41.67 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0158  putative major pilin subunit  40.96 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.320147 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0161  putative major pilin subunit  40.96 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0421  methylation site containing protein  68.18 
 
 		 142 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000175547  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0156  putative major pilin subunit  40.96 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  60.47 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.1 
 
 		 170 aa  62.8  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0652  putative major pilin subunit  37.35 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  47.76 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0164  putative major pilin subunit  37.35 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268979  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.05 
 
 		 156 aa  62.4  0.000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0627  putative major pilin subunit  35.29 
 
 		 147 aa  62  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  50 
 
 		 133 aa  62  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  50 
 
 		 133 aa  62  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  34 
 
 		 164 aa  62  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0473  fimbrial protein pilin  31.75 
 
 		 139 aa  62  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2096  pilin domain protein  50.79 
 
 		 70 aa  62  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000511675  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.98 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1422  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.89 
 
 		 169 aa  61.6  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0345  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  43.24 
 
 		 156 aa  61.2  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000996245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2567  general secretion pathway protein H  48.53 
 
 		 198 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2693  general secretion pathway protein H  48.53 
 
 		 198 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.289926  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  60.98 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0495  fimbrial protein EcpC precursor  35.34 
 
 		 172 aa  60.8  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.014346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1261  hypothetical protein  42.11 
 
 		 168 aa  60.8  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  62.5 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1890  hypothetical protein  40.12 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  42.11 
 
 		 148 aa  60.5  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3041  general secretion pathway protein H  54.24 
 
 		 138 aa  60.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.391226  normal  0.137984 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5973  general secretion pathway protein H  54 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0600966 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1442  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  30.2 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.102563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1018  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  47.46 
 
 		 161 aa  60.1  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0864  peptidase S49, protease IV  42.11 
 
 		 139 aa  60.5  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3575  putative major pilin subunit  40.48 
 
 		 148 aa  60.1  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0727  hypothetical protein  31.43 
 
 		 173 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0467  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  63.83 
 
 		 171 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1495  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.56 
 
 		 167 aa  60.5  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.70798  normal  0.112729 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  52.83 
 
 		 152 aa  60.5  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0265  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  47.76 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.319115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>