More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_5064 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  92.13 
 
 
648 aa  1179    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  59.85 
 
 
650 aa  712    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.72 
 
 
650 aa  720    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  56.88 
 
 
650 aa  729    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  56.19 
 
 
650 aa  717    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  59.23 
 
 
650 aa  721    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.73 
 
 
648 aa  1001    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.75 
 
 
648 aa  1187    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
648 aa  1310    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.98 
 
 
648 aa  1178    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.28 
 
 
637 aa  363  5.0000000000000005e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.29 
 
 
637 aa  342  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 
637 aa  331  3e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.85 
 
 
663 aa  306  7e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.37 
 
 
638 aa  301  2e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  30.61 
 
 
639 aa  296  7e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.93 
 
 
642 aa  295  3e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  30.3 
 
 
639 aa  290  5.0000000000000004e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.22 
 
 
645 aa  289  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.98 
 
 
645 aa  267  4e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31.57 
 
 
635 aa  267  5e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.08 
 
 
649 aa  259  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.05 
 
 
703 aa  247  4e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.97 
 
 
632 aa  236  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  27.4 
 
 
654 aa  229  8e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.56 
 
 
663 aa  229  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  26.87 
 
 
640 aa  228  4e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  26.53 
 
 
627 aa  222  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 
640 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  26.02 
 
 
641 aa  208  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.66 
 
 
696 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  26.11 
 
 
649 aa  200  7e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  25.42 
 
 
636 aa  199  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  24.62 
 
 
649 aa  194  3e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 
639 aa  190  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.07 
 
 
640 aa  189  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  26.9 
 
 
639 aa  189  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.39 
 
 
639 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  25.76 
 
 
640 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.98 
 
 
639 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.98 
 
 
639 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.96 
 
 
640 aa  182  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 
639 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.16 
 
 
639 aa  182  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.64 
 
 
639 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 
639 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 
639 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.85 
 
 
640 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.3 
 
 
632 aa  177  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.54 
 
 
634 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  25.23 
 
 
639 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.26 
 
 
634 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.23 
 
 
640 aa  173  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.88 
 
 
634 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
634 aa  172  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.85 
 
 
634 aa  171  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  25 
 
 
640 aa  170  8e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.71 
 
 
738 aa  169  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 
642 aa  167  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.22 
 
 
634 aa  167  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
634 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.78 
 
 
634 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 
634 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  24.15 
 
 
634 aa  162  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  23.79 
 
 
631 aa  155  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.1 
 
 
632 aa  155  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.96 
 
 
644 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.58 
 
 
658 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
587 aa  154  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  25.83 
 
 
646 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.11 
 
 
673 aa  152  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.81 
 
 
800 aa  152  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.38 
 
 
634 aa  152  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  27.98 
 
 
818 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  29.84 
 
 
806 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.38 
 
 
638 aa  147  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  28.32 
 
 
823 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.24 
 
 
769 aa  145  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.29 
 
 
469 aa  144  5e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  24.38 
 
 
634 aa  144  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.88 
 
 
942 aa  144  7e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.79 
 
 
1093 aa  143  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 
623 aa  142  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  27.69 
 
 
656 aa  142  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.68 
 
 
994 aa  142  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.79 
 
 
698 aa  142  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
667 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.973751  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.21 
 
 
951 aa  139  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 
975 aa  139  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  30.3 
 
 
973 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  26.29 
 
 
817 aa  139  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  29.23 
 
 
1006 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.75 
 
 
818 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.3 
 
 
818 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.04 
 
 
960 aa  137  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.433871 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.17 
 
 
665 aa  137  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.96 
 
 
499 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  25.44 
 
 
635 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  30.14 
 
 
1245 aa  135  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.96 
 
 
742 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0024682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>