181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3455 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3455  regulatory protein TetR  100 
 
 		 196 aa  403  1.0000000000000001e-112  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.336833  normal  0.0784455 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3964  TetR family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 168 aa  145  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3254  transcriptional regulator, TetR family  38.5 
 
 		 195 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5422  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 198 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1417  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 194 aa  69.3  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22703  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3500  TetR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00541119  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  23.75 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  23.9 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 189 aa  62  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0066  transcriptional regulator  33.04 
 
 		 193 aa  57.8  0.00000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 191 aa  57  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3558  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2554  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394239  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3436  transcriptional regulator, TetR family  24.42 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.262135  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 197 aa  53.1  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  32.43 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 188 aa  52  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 203 aa  51.2  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2991  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0384605  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2742  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.845467  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2692  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0469224  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2671  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.083497  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2951  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2997  transcriptional regulator, TetR family  25.3 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000711023  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2951  transcriptional regulator, TetR family  24.7 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.418779999999999e-31 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  25.3 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 223 aa  50.1  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 219 aa  49.7  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 216 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 218 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 192 aa  49.3  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  33.8 
 
 		 258 aa  49.3  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 210 aa  48.9  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2219  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 207 aa  48.5  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.23135  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 199 aa  48.5  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 210 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  24.7 
 
 		 188 aa  48.5  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 202 aa  48.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 209 aa  48.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 198 aa  48.1  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2743  TetR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 188 aa  47.4  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.673676  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3160  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000883166 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0184  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 197 aa  47.4  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3179  TetR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 228 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 250 aa  47.4  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  28.57 
 
 		 194 aa  47.4  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2373  transcriptional regulator, TetR family  26.51 
 
 		 207 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2441  TetR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.21008  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0014  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3501  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.191946  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4865  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  28.4 
 
 		 191 aa  47.4  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.486624 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1643  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.359135 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 243 aa  46.6  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 192 aa  46.6  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0091  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 		 199 aa  46.6  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 237 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0440  TetR/AcrR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4628  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 206 aa  46.2  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000955982  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 212 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 225 aa  46.2  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4148  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 213 aa  46.6  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.677229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4218  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 208 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566415  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0265  TetR family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 194 aa  45.8  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 219 aa  45.8  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 192 aa  45.4  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 237 aa  45.4  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2959  transcriptional regulator, TetR family  25.9 
 
 		 207 aa  45.1  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177797 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1030  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 204 aa  45.1  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.468417  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3508  regulatory protein, TetR  38.3 
 
 		 200 aa  45.1  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0988004  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  25.88 
 
 		 193 aa  45.4  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  23.94 
 
 		 196 aa  45.1  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0266  TetR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 207 aa  45.1  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.437766  hitchhiker  0.000931508 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 236 aa  45.1  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 211 aa  44.7  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0915  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 213 aa  44.7  0.0009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 203 aa  44.7  0.0009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 229 aa  44.7  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2683  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 219 aa  43.9  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0420  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 215 aa  43.9  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1256  TetR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000259056 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 214 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 232 aa  44.3  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2169  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 205 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0053  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 188 aa  44.3  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.573004  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1527  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 185 aa  43.9  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.718491  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0269  TetR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.60794  normal  0.358976 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 188 aa  43.9  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>