More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4148 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4148  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  446  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.677229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0467  TetR family transcriptional regulator  74.75 
 
 		 198 aa  317  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 188 aa  235  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 202 aa  234  6e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  52.91 
 
 		 203 aa  225  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 188 aa  211  5.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  41.3 
 
 		 193 aa  141  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0091  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 199 aa  135  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  37.5 
 
 		 194 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2554  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 198 aa  104  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394239  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  28.42 
 
 		 191 aa  90.5  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.486624 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3436  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 194 aa  87.4  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.262135  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 190 aa  85.5  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 190 aa  82.8  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3558  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 190 aa  76.3  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3500  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00541119  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 197 aa  72  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2742  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.845467  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2692  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0469224  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2671  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.083497  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2951  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2951  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.418779999999999e-31 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 188 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2991  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0384605  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2997  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000711023  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 189 aa  68.2  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2743  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.673676  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3684  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1288  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0315957  hitchhiker  0.00536276 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0286  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1456  transcriptional regulator, TetR family  27.85 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1417  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22703  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1459  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 187 aa  58.5  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3092  transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0725563 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  31.25 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4203  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0570722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4300  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3254  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0179  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0807108  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  52 
 
 		 190 aa  54.3  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4300  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 190 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 202 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4823  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0401  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 245 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0464223  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 190 aa  53.5  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3508  regulatory protein, TetR  40.35 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0988004  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2983  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0464  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 215 aa  53.5  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 218 aa  53.5  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  44.26 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 212 aa  52  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 194 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1320  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 224 aa  52  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2301  transcriptional regulator, TetR family  47.83 
 
 		 197 aa  52  0.000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0439  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 199 aa  52  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 190 aa  52  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  47.92 
 
 		 291 aa  52  0.000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 199 aa  51.6  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 194 aa  51.2  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1248  AcrR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 219 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1826  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 250 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0995188  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0593  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 268 aa  50.8  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.65008  normal  0.136354 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  20.55 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0066  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 193 aa  51.2  0.00001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 194 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2221  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 264 aa  50.1  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.104647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1666  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 209 aa  50.1  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2583  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 226 aa  50.8  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1236  TetR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0369519 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2013  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 173 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0995  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 192 aa  50.4  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 324 aa  50.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2059  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 173 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.045167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4522  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 191 aa  50.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.828993  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1139  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0501486 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4104  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 438 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>