249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3254 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3254  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 195 aa  404  1.0000000000000001e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3455  regulatory protein TetR  39.29 
 
 		 196 aa  149  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.336833  normal  0.0784455 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3964  TetR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 168 aa  118  7e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5422  transcriptional regulator, TetR family  33.84 
 
 		 198 aa  102  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3500  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00541119  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3436  transcriptional regulator, TetR family  23.98 
 
 		 194 aa  75.5  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.262135  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 189 aa  71.2  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1417  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 194 aa  70.5  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22703  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1288  TetR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 215 aa  68.2  0.00000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0315957  hitchhiker  0.00536276 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3558  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 190 aa  65.1  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 188 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1456  transcriptional regulator, TetR family  24.44 
 
 		 203 aa  63.9  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2983  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0286  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0066  transcriptional regulator  28.49 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3684  TetR family transcriptional regulator  22.51 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  30.3 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0091  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  33.33 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.486624 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0467  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0457  TetR family transcriptional regulator  21.82 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 202 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1256  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000259056 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2554  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 198 aa  57  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394239  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  22.36 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0179  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0807108  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0652  transcriptional regulator, TetR family  25.58 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00127288  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  24.72 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4148  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.677229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  23.98 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  42.55 
 
 		 211 aa  52.8  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  22.02 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1468  transcriptional regulator, TetR family  23.26 
 
 		 190 aa  52.8  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2742  TetR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 188 aa  51.6  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.845467  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2692  TetR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 188 aa  51.6  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0469224  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2671  TetR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 188 aa  51.6  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.083497  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2951  TetR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 188 aa  51.6  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2951  transcriptional regulator, TetR family  22.93 
 
 		 188 aa  51.6  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.418779999999999e-31 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  32.18 
 
 		 194 aa  50.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 238 aa  49.7  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0833  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 190 aa  50.4  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2991  TetR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 188 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0384605  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2997  transcriptional regulator, TetR family  23.64 
 
 		 188 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000711023  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3160  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 205 aa  49.3  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000883166 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2518  TetR family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.647945 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  23.64 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  23.64 
 
 		 188 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 213 aa  48.9  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 232 aa  48.9  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  23.7 
 
 		 196 aa  48.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  24.55 
 
 		 226 aa  48.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 201 aa  47.8  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2743  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.673676  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 220 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 216 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 191 aa  47.4  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 220 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  38.89 
 
 		 220 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2316  transcriptional regulator, TetR family  28.67 
 
 		 234 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2749  TetR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407163  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0995  TetR family transcriptional regulator  20.14 
 
 		 190 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0440  TetR/AcrR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4300  TetR family transcriptional regulator  20.5 
 
 		 190 aa  47  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2110  TetR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2722  TetR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40024  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1112  transcriptional regulator, TetR family  19.44 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4194  transcriptional regulator, TetR family  19.44 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  24.55 
 
 		 226 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1177  TetR family transcriptional regulator  20.14 
 
 		 190 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 194 aa  45.8  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0899  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 193 aa  45.8  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.494549  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 206 aa  45.4  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 218 aa  45.4  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20070  transcriptional regulator, TetR family  23.03 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0995  TetR family transcriptional regulator  19.44 
 
 		 190 aa  45.4  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.713352  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14200  transcriptional regulator, TetR family  22.49 
 
 		 227 aa  45.1  0.0006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000918467  decreased coverage  0.00704922 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1311  transcriptional regulator, TetR family  22.78 
 
 		 241 aa  45.1  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>