More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0477 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 204 aa  419  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  35.58 
 
 		 220 aa  117  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 209 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 259 aa  101  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 206 aa  98.6  6e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 262 aa  95.9  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 201 aa  94.4  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 252 aa  93.2  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  32 
 
 		 222 aa  92.8  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 208 aa  88.6  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  32.78 
 
 		 196 aa  87.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 		 192 aa  86.7  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  29.65 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 251 aa  86.3  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 209 aa  85.9  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  29.83 
 
 		 208 aa  84.7  9e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  28.96 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 215 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.09 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  30.57 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 276 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  31.38 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 191 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  27.13 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  28.72 
 
 		 208 aa  74.3  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 191 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  31.64 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  27.51 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  27.03 
 
 		 215 aa  73.9  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  27.51 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  27.51 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 188 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 187 aa  71.2  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 180 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  26.7 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  31.38 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  26.63 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  25.14 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  25.68 
 
 		 224 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  26.78 
 
 		 199 aa  68.2  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 187 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  28.93 
 
 		 195 aa  67.4  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  27.22 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  25.14 
 
 		 187 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  25.14 
 
 		 187 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  27.97 
 
 		 150 aa  66.2  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  33.14 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  25.13 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  24.86 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  27.47 
 
 		 183 aa  65.5  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  30 
 
 		 188 aa  65.1  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 197 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  32.46 
 
 		 197 aa  65.1  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  24.59 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  27.44 
 
 		 191 aa  64.7  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 189 aa  64.3  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  24.59 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  24.59 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  29.19 
 
 		 192 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  27.59 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  24.59 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  25.68 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  25.41 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 192 aa  63.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>