More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3789 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 596 aa  1161    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  45.91 
 
 		 662 aa  357  1.9999999999999998e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  39.96 
 
 		 734 aa  357  2.9999999999999997e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  40.52 
 
 		 789 aa  343  5.999999999999999e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  38.51 
 
 		 754 aa  309  8e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  35.66 
 
 		 656 aa  289  1e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  36.66 
 
 		 698 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  34.81 
 
 		 657 aa  281  2e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  32.11 
 
 		 653 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  34.42 
 
 		 749 aa  274  3e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  34.26 
 
 		 667 aa  273  6e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  36.14 
 
 		 760 aa  271  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  33.56 
 
 		 614 aa  262  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  35.2 
 
 		 667 aa  260  4e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  35.24 
 
 		 812 aa  247  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  34.86 
 
 		 625 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  34.13 
 
 		 621 aa  239  9e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  33.89 
 
 		 621 aa  238  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  33.89 
 
 		 621 aa  238  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  34.62 
 
 		 615 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  29.54 
 
 		 868 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  28.1 
 
 		 870 aa  194  5e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  29.8 
 
 		 822 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  27.57 
 
 		 861 aa  183  7e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  29.26 
 
 		 767 aa  177  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  26.9 
 
 		 796 aa  174  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  27.08 
 
 		 779 aa  166  8e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  26.26 
 
 		 769 aa  163  9e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  25.34 
 
 		 792 aa  150  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  24.66 
 
 		 764 aa  140  7.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0391  type IV pilus secretin PilQ  27.99 
 
 		 543 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0370  type IV pilus secretin PilQ  27.65 
 
 		 543 aa  107  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3768  outer membrane porin HofQ  24.88 
 
 		 412 aa  107  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000640301  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03243  predicted fimbrial transporter  24.94 
 
 		 412 aa  106  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  25.97 
 
 		 1421 aa  106  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  24.94 
 
 		 412 aa  106  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  24.88 
 
 		 412 aa  106  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  24.88 
 
 		 412 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  29.14 
 
 		 575 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  29.14 
 
 		 616 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  29.07 
 
 		 576 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  24.88 
 
 		 412 aa  105  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  29.14 
 
 		 527 aa  104  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  28.25 
 
 		 553 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  24.48 
 
 		 412 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  24.48 
 
 		 412 aa  103  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  28.7 
 
 		 462 aa  102  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  28.7 
 
 		 462 aa  102  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  24.88 
 
 		 386 aa  101  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  28.7 
 
 		 462 aa  102  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  28.7 
 
 		 465 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  28.03 
 
 		 553 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  25.34 
 
 		 689 aa  100  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0294  type IV pilus secretin PilQ  27.72 
 
 		 573 aa  99.4  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.882341 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  27.91 
 
 		 688 aa  97.4  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  23.42 
 
 		 426 aa  95.9  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  25.06 
 
 		 683 aa  95.5  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3804  outer membrane porin HofQ  25.37 
 
 		 413 aa  94.7  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0625572  normal  0.855535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  26.61 
 
 		 567 aa  93.6  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  26.47 
 
 		 591 aa  93.6  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  22.99 
 
 		 413 aa  93.2  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  25.06 
 
 		 683 aa  93.6  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  25.06 
 
 		 683 aa  93.6  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.76 
 
 		 685 aa  93.2  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3488  type II and III secretion system protein  26.74 
 
 		 543 aa  93.2  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  28.98 
 
 		 733 aa  93.6  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1622  type II and III secretion system protein  25.73 
 
 		 673 aa  93.2  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  22.66 
 
 		 729 aa  93.6  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  26.39 
 
 		 523 aa  92.4  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  25.06 
 
 		 683 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  23.44 
 
 		 527 aa  92  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  27.42 
 
 		 711 aa  92  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  26.06 
 
 		 751 aa  90.9  5e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  26.91 
 
 		 752 aa  91.3  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2743  type II and III secretion system protein  25.84 
 
 		 509 aa  90.1  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.230673  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  23.93 
 
 		 433 aa  90.1  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2255  type II and III secretion system protein  29.5 
 
 		 372 aa  90.1  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.936423  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  25.65 
 
 		 580 aa  89.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  25.87 
 
 		 684 aa  90.1  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  25.87 
 
 		 684 aa  90.1  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  25.87 
 
 		 684 aa  90.1  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.64 
 
 		 684 aa  89  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  27.02 
 
 		 698 aa  89  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  25.85 
 
 		 775 aa  89  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  25.81 
 
 		 683 aa  89.4  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3794  outer membrane porin HofQ  23.8 
 
 		 426 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566687  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  27.02 
 
 		 698 aa  88.6  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5321  type II and III secretion system protein  27.22 
 
 		 700 aa  88.6  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293093  hitchhiker  0.00147308 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  26.19 
 
 		 422 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  25.54 
 
 		 775 aa  88.2  4e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06090  type II and III secretion system protein  26.87 
 
 		 881 aa  87.4  7e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4614  type II and III secretion system protein  27.02 
 
 		 595 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.228192 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3760  outer membrane porin HofQ  23.29 
 
 		 426 aa  86.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00726017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3687  outer membrane porin HofQ  23.54 
 
 		 389 aa  85.9  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00260345  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0246  type II and III secretion system protein  23 
 
 		 714 aa  85.5  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  23.64 
 
 		 693 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  23.09 
 
 		 882 aa  85.5  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  23.95 
 
 		 887 aa  86.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  22.65 
 
 		 864 aa  85.9  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  26.73 
 
 		 745 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>