124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0954 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  100 
 
 		 388 aa  798    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  34.63 
 
 		 441 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  32.68 
 
 		 529 aa  159  8e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  33.33 
 
 		 509 aa  152  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  31.85 
 
 		 430 aa  149  7e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  31.59 
 
 		 556 aa  145  9e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  31.35 
 
 		 649 aa  144  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  33.23 
 
 		 588 aa  143  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  30.32 
 
 		 616 aa  140  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  31 
 
 		 436 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  29.23 
 
 		 434 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  29.03 
 
 		 602 aa  133  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  29.43 
 
 		 687 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  31.53 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  32.16 
 
 		 646 aa  129  9.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  29.25 
 
 		 566 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  29.43 
 
 		 426 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  29.56 
 
 		 386 aa  124  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  28.45 
 
 		 605 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  30.86 
 
 		 559 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  33.11 
 
 		 566 aa  121  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  33.33 
 
 		 565 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  31.83 
 
 		 550 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  29.05 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  28.57 
 
 		 563 aa  110  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  27.09 
 
 		 581 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  30.08 
 
 		 456 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  29.39 
 
 		 499 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  30.89 
 
 		 651 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  37.69 
 
 		 441 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  28.29 
 
 		 538 aa  107  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  27.78 
 
 		 472 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  26.33 
 
 		 535 aa  104  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  37.19 
 
 		 401 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  28.37 
 
 		 531 aa  103  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 568 aa  103  5e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  28.52 
 
 		 498 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  30.45 
 
 		 412 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  27.47 
 
 		 548 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  29.15 
 
 		 439 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  30.45 
 
 		 452 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  29.52 
 
 		 540 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  27.27 
 
 		 564 aa  97.4  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  25 
 
 		 662 aa  95.9  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  27.81 
 
 		 564 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  24.78 
 
 		 651 aa  95.9  1e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  28.45 
 
 		 687 aa  94  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  28.23 
 
 		 430 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  26.7 
 
 		 635 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  27.73 
 
 		 593 aa  87.8  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  29.93 
 
 		 582 aa  85.1  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  29.96 
 
 		 533 aa  80.9  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  26.59 
 
 		 560 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  26.67 
 
 		 618 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  25.66 
 
 		 587 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  27.63 
 
 		 602 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  28.51 
 
 		 515 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  22.49 
 
 		 589 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  25.41 
 
 		 358 aa  73.6  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  26.84 
 
 		 529 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0048  phage integrase  26.5 
 
 		 692 aa  73.2  0.000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.404651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  28.63 
 
 		 479 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  29.9 
 
 		 588 aa  70.5  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0926  Phage integrase  25.42 
 
 		 450 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4174  integrase family protein  27.48 
 
 		 480 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  25.46 
 
 		 602 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0883  integrase family protein  28.51 
 
 		 404 aa  66.6  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  25.9 
 
 		 482 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002228  putative integrase  24.8 
 
 		 431 aa  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  25.89 
 
 		 529 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  23.46 
 
 		 509 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  29.61 
 
 		 619 aa  64.7  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5437  integrase family protein  27.73 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.636069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2395  integrase family protein  27.51 
 
 		 456 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.975926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  23.75 
 
 		 567 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2498  Phage integrase  28.81 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4097  integrase family protein  27.38 
 
 		 464 aa  60.1  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  24.89 
 
 		 527 aa  59.7  0.00000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  25 
 
 		 599 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  25.09 
 
 		 657 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0896  hypothetical protein  24.07 
 
 		 549 aa  57.8  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  23.18 
 
 		 692 aa  57.8  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1127  phage integrase  25.61 
 
 		 301 aa  55.8  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  25.57 
 
 		 290 aa  53.5  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  27.18 
 
 		 720 aa  53.5  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  25.39 
 
 		 321 aa  53.5  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3658  phage integrase  26.41 
 
 		 470 aa  53.1  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  25.63 
 
 		 424 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  25.1 
 
 		 379 aa  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  29.02 
 
 		 490 aa  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1429  integrase family protein  25.3 
 
 		 578 aa  51.6  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  22.28 
 
 		 508 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  22.28 
 
 		 508 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0730  hypothetical protein  26.36 
 
 		 455 aa  48.9  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  26.05 
 
 		 283 aa  48.5  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  25.34 
 
 		 310 aa  47.8  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  26.17 
 
 		 391 aa  47.8  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013168  Cyan8802_4647  integrase family protein  28.42 
 
 		 223 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  24.57 
 
 		 305 aa  47.4  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  25.65 
 
 		 473 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>