50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0896 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0896  hypothetical protein  100 
 
 		 549 aa  1129    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  46.74 
 
 		 657 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  24.67 
 
 		 720 aa  127  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  33.79 
 
 		 649 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  33.1 
 
 		 556 aa  74.7  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  22.34 
 
 		 602 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0048  phage integrase  25.62 
 
 		 692 aa  70.1  0.00000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.404651 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  27.37 
 
 		 588 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  32.86 
 
 		 588 aa  66.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  22.7 
 
 		 646 aa  64.7  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  27.64 
 
 		 509 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  24.89 
 
 		 582 aa  63.9  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  30.91 
 
 		 566 aa  63.9  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  27.65 
 
 		 540 aa  62  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  27.32 
 
 		 564 aa  62  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  37.93 
 
 		 550 aa  61.6  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  26.44 
 
 		 687 aa  61.2  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  29.28 
 
 		 605 aa  61.2  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  24.2 
 
 		 651 aa  60.1  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  40.91 
 
 		 401 aa  60.1  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  35.23 
 
 		 565 aa  59.3  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  25.81 
 
 		 662 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  24.07 
 
 		 388 aa  57.8  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  24.59 
 
 		 618 aa  57  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  24.05 
 
 		 434 aa  56.2  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  33.33 
 
 		 589 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  29.55 
 
 		 533 aa  54.7  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  33.68 
 
 		 441 aa  54.3  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  24.18 
 
 		 436 aa  54.3  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  36.78 
 
 		 538 aa  54.3  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  26.92 
 
 		 566 aa  53.9  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  37.66 
 
 		 430 aa  53.9  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  24.02 
 
 		 441 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  24.76 
 
 		 616 aa  52.4  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  22.75 
 
 		 529 aa  52  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  39.53 
 
 		 426 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  28.65 
 
 		 563 aa  51.6  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  28.78 
 
 		 581 aa  50.4  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  36.36 
 
 		 499 aa  49.7  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  28.72 
 
 		 439 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  35.53 
 
 		 602 aa  47.8  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  21.93 
 
 		 381 aa  47.4  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  30.59 
 
 		 472 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  36.23 
 
 		 508 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  40.28 
 
 		 567 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  36.23 
 
 		 508 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  26.92 
 
 		 593 aa  45.8  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  30.93 
 
 		 559 aa  45.1  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  24.31 
 
 		 452 aa  43.5  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  24.31 
 
 		 412 aa  43.5  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>