147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3316 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  100 
 
 
566 aa  1160    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  31.47 
 
 
687 aa  257  3e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  33.02 
 
 
618 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  41.91 
 
 
441 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  31.37 
 
 
533 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  38.75 
 
 
401 aa  212  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  31.54 
 
 
540 aa  187  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  29.53 
 
 
538 aa  187  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  29.88 
 
 
566 aa  184  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  29.44 
 
 
509 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  35.23 
 
 
588 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  28.22 
 
 
605 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  27.56 
 
 
563 aa  174  5e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  33.05 
 
 
386 aa  171  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  31.67 
 
 
564 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  29.02 
 
 
581 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  30.56 
 
 
529 aa  156  9e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  27.58 
 
 
602 aa  156  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  27 
 
 
515 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  26.97 
 
 
588 aa  154  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  26.46 
 
 
560 aa  147  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  26.01 
 
 
616 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  31.43 
 
 
430 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  30.57 
 
 
529 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  28.24 
 
 
434 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  28.8 
 
 
436 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  25.09 
 
 
565 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  26.8 
 
 
550 aa  135  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  25.23 
 
 
635 aa  131  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  29.88 
 
 
424 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  29.25 
 
 
388 aa  129  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  34.55 
 
 
441 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  25.49 
 
 
564 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  31.71 
 
 
556 aa  127  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  31.71 
 
 
649 aa  127  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  26.87 
 
 
509 aa  127  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  30.43 
 
 
529 aa  124  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  29.5 
 
 
568 aa  123  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  29.15 
 
 
567 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  26.31 
 
 
582 aa  120  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  28.26 
 
 
456 aa  120  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  28.41 
 
 
412 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  28.41 
 
 
452 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  24.23 
 
 
599 aa  117  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  26.12 
 
 
439 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  26.5 
 
 
538 aa  112  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  24.83 
 
 
593 aa  109  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  27.04 
 
 
381 aa  109  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  25.39 
 
 
559 aa  108  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  29.08 
 
 
651 aa  106  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  38.42 
 
 
589 aa  105  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  25.52 
 
 
548 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  31.54 
 
 
662 aa  103  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  24.73 
 
 
386 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  27.87 
 
 
602 aa  101  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  25.09 
 
 
430 aa  100  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  26.6 
 
 
472 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  28.33 
 
 
646 aa  99  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  28.57 
 
 
426 aa  98.6  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_004310  BR0256  phage integrase family site specific recombinase  24.96 
 
 
584 aa  97.8  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  30.82 
 
 
602 aa  94.4  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  21.86 
 
 
499 aa  90.9  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2524.1  hypothetical protein  38.06 
 
 
308 aa  90.1  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.547452  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  27.8 
 
 
473 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  30.17 
 
 
498 aa  83.6  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0284  phage integrase  26.97 
 
 
563 aa  83.6  0.000000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  26.96 
 
 
310 aa  82  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  25.48 
 
 
651 aa  81.3  0.00000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  26.52 
 
 
358 aa  80.9  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3313  phage integrase family protein  27.72 
 
 
430 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  24.3 
 
 
490 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  29.88 
 
 
535 aa  78.2  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  24.56 
 
 
479 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  23.02 
 
 
458 aa  76.6  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  29.89 
 
 
619 aa  76.3  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  26.26 
 
 
337 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  26.26 
 
 
331 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  26.26 
 
 
331 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  23.12 
 
 
558 aa  75.5  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  24.04 
 
 
441 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3553  phage integrase  27.14 
 
 
392 aa  74.3  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.631113  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  24.54 
 
 
482 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  30.54 
 
 
587 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  30.2 
 
 
527 aa  68.9  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  25.42 
 
 
720 aa  68.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0926  Phage integrase  23.5 
 
 
450 aa  68.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1569  hypothetical protein  30.99 
 
 
348 aa  67.4  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  25.75 
 
 
657 aa  65.1  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0788  Phage integrase  25.26 
 
 
459 aa  64.3  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0048  phage integrase  29.69 
 
 
692 aa  64.3  0.000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.404651 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  25.93 
 
 
692 aa  63.5  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0730  hypothetical protein  29.63 
 
 
455 aa  62.4  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2498  Phage integrase  24.04 
 
 
422 aa  60.8  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  23.95 
 
 
356 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  26.09 
 
 
531 aa  60.8  0.00000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  23.95 
 
 
356 aa  60.8  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1997  phage integrase  24.29 
 
 
422 aa  58.2  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.559264  normal  0.395324 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  23.62 
 
 
356 aa  58.2  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4646  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  26.92 
 
 
317 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5437  integrase family protein  24.42 
 
 
471 aa  57.4  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.636069  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>